Odvozom úrody z poľa a predajom rastlinných výrobkov vyvážame aj rastlinné živiny a tým ochudobňujeme pôdu. Keby sme odčerpané živiny nevracali späť do pôdy, jej úrodnosť by sa znižovala, čo by malo napokon aj vplyv na zhoršenie životného prostredia. Preto zvyšovanie úrodnosti pôdy je dôležitou súčasťou starostlivosti o životné prostredie. Najvhodnejší spôsob hnojenia je hnojenie zelenými rastlinami z čeľade bôbovitých. Ich zaorávaním dodávame do pôdy vo vhodnom vzájomnom pomere uhlík a dusík bez toho, aby sme znečistením ohrozovali podzemné vody. Avšak samotné hnojenie zelenými rastlinami nie je dostatočné, preto je nutné používať aj priemyselné hnojivá. Hnojenie sa ale podieľa tiež na zhoršovaní životného prostredia. Predbežné výsledky výskumu naznačujú, že poľnohospodárska činnosť sa podieľa asi 20-25% na znečistení našich povrchových a podzemných vôd. Dôsledkom je eutrofizácia vody – jav, kedy reziduálne časti N, P, K presakujú z pôdy do vôd a spôsobujú nadmerný rast rias a vodných rastlín vo vodných tokoch. V stojatých vodách ešte za pôsobenia saponátov a splaškových komunálnych vôd, ktoré vytvárajú na hladine penu a mastný film, sa premnožujú baktérie, riasy a vodné rastliny. Keďže výmena plynov medzi vodou a vzduchom je značne obmedzená, začína hnilobný proces, pri ktorom sa uvoľňuje NH3 a H2S.
Umelé hnojivá majú vplyv aj na znečistenie vzduch. Napr. amoniakát bezvodý sa na vzduchu mení na plyn ostrého a dráždivého zápachu. Použitím dusíkatých hnojív s amoniakálnou formou na veľmi zásaditých pôdach vápnik vytlačí z pôdy NH4+ , ktorý potom uniká do vzduchu. Ten reaguje s H2O obsiahnutou vo vzduchu a spôsobuje kyslé dažde, zápal priedušiek, edém pľúc.
Priemyselné hnojivá nie sú čisté soli. Obsahujú zvyšky výrobných komponentov, ktoré dodávajú hnojivám určitý charakter. Napríklad síran amónny obsahuje malé množstvo kyseliny sírovej, a preto hnojivo v roztoku reaguje kyslo. Naopak, dusíkaté vápno obsahuje voľný vápnik, takže po rozpustení vo vode reaguje zásadito – teda nepriaznivým dôsledkom je zasolenie pôdy, okyslenie pôdy, tiež vyplavovanie vápnika z pôdy a ožiarenie pôdy.
Pri prehnojení pôdy sa niektoré pvky dostávajú do rastlín vo veľkom množstve a potravinovým reťazcom aj do organizmu človeka, kde pôsobia nepriaznivo na organizmus.