Fluorescencia sa vyvoláva zdrojom ultrafialového žiarenia (ortuťová výbojka, oblúkovka), ktorým sa predmet osvetľuje. Týmto mikroskopom sa dajú skúmať aj nefluoreskujúce látky, ak sú zafarbené fluoreskujúcou látkou.

5. Mikroskop zrkadlový - nemá farebnú chybu, pretože objektív je vytvorený zrkadlovou optikou. Veľkou výhodou je až 10x väčšia vzdialenosť medzi pozorovaným predmetom a objektívom, čo umožňuje lepšiu manipuláciu s predmetom pri pozorovaní.

6. Mikroskop elektrónový - využíva namiesto svetla prúd elektrónov, ekvivalentný žiareniu s veľmi malou vlnovou dĺžkou. Zväčšený obraz vzniká dopadom elektrónov na fluorescenčné tienidlo alebo na fotografickú platňu. Obraz vzniká prechodom elektrónov skúmaným predmetom alebo jeho povrchu (odrazová mikroskopia), resp. sa vytvorí elektrónmi emitovanými z povrchu skúmaného predmetu (emisná mikroskopia). Pri konštrukcii elektrónového mikroskopu sa využil poznatok, že prúd elektrónov prechádzajúci elektromagnetickou alebo elektrostatickou šošovkou podlieha tým istým zákonom ako svetelný lúč prechádzajúci optickou šošovkou. V elektrónovom mikroskope sú optické šošvky nahradené elektromagnetickými alebo elektrostatickými šošovkami. Elektróny sú urýchľované vysokým napätím. V priestore , ktorým sa pohybujú, musí sa udržiavať vysoké vákuum. Okrem optickej sústavy elektrostatických alebo elektromagnetických šošoviek je elektrónkový mikroskop vybavený vákuovou čerpacou sústavou, zdrojom stabilného prúdu pre magnetickú šošovku, resp. zdrojom vysokého napätia pre elektrostatické šošovky. Elektrónový mikroskop sa používa najviac v biológii, fyzike, chémii, metalurgii, v paleontológii a v mnohých ďalších vedných odboroch. Práca sním je však veľmi zložitá, no kým optické mikroskopy zväčšujúce najviac 2000x , elektrónový mikroskop dosiahne až 250000- násobné zväčšenie. Prvý elektrónkový mikroskop zostrojili r.1933 nemeckí fyzici E. Rusk a M.Knoll.

7. Rastrový elektrónový mikroskop (SEM- Scanning Elecron Microscope) - zväčšuje povrchové detaily v postupných obrazoch. Tieto obrazy sa snímajú rastrovacím lúčom elektrónov. Teoretické základy rastrového elektrónového mikroskopu navrhol M. Knoll (1935) - dva roky po zostrojení elektrónového mikroskopu. Prvé pokusné rastrové mikroskop vyrobené v Nemecku a v USA boli veľmi zložité dávali iba nedokonalé zväčšeniny. Moderný vývoj tohto mikroskopu sa začal po druhej svetovej vojne. McMullan a Smith skonštruovali r. 1955 model rastrového mikroskopu na praktické použitie.