Pre neprístupnosť a vhodné podmienky bol Slovenský raj útočiskom dravých vtákov. Dôkazmi sú názvy lokalít odvodené od vyskytujúcich sa druhov ( Veľký a Malý Sokol, Sokolia dolina, Dravce). Z dravých vtákov tu dodnes hniezdia myšiak hôrny a sokol myšiar. Vzácnejšie sú orol skalný, orol krikľavý, jastrab lesný a jastrab krahulec. V neprístupných častiach žije medveď, vlk obyčajný, rys ostrovid, mačka divá, v jaskyniach viaceré druhy netopierov. Ku kriticky ohrozeným druhom patrí : mihuľa potiská, mlok veľký, mlok karpatský, orol skalný, syseľ obyčajný, plch záhradný, vydra riečna a ďalšie. .