Minerálne pramene okrem už spomenutých, väčšinou iba miestneho významu, prípadne dnes už zaniknuté, sú v Ďapalovciach, Matiaške, Vyššej Sitnici, Ruskej Porube- vo flyšovom a bradlovom pásme Nízkych Beskýd, ďalej v Soli, Čakľove, Hencovciach, Kamennej Porube, Rudlove, Hlinnom a Davidove v neogéne Východoslovenskej nížiny, v Pavlovciach, Petrovciach a Hermanovciach v neovulkanitoch Slanských vrchov. Minerálne vody majú rôzne chemické zloženie a obsah minerálnych látok a plynov. Často sú reliktné- morského pôvodu, najmä vo flyši, a časť je viazaná na neovulkanickú štruktúru Slanských vrchov. Okrem týchto prameňov sú zmienky ešte o minerálnych prameňoch v Nižnom Hrabovci, Podčičve, Vranove a inde.
Na území okresu sa nachádza niekoľko významných zákonom chránených území (štátnych prírodných rezervácií).Spomeňme z nich najmä Šimonku, na území ktorej s predmetom ochrany hlavne vzácne rastlinné spoločenstvá, a Oblík ako sopečný útvar s chráneným rastlinstvom vo vrcholovej časti. Známe sú aj Hermanovské skaly. Objektom ochrany sú tam skalné a bralné útvary a vzácne rastlinné a živočíšne spoločenstvá. Zamutovské skaly v Slanských vrchoch patria rovnako k zaujímavým geomorfologickým útvarom so vzácnym rastlinným spoločenstvom. K chráneným územiam patria aj Zamutovská a Hlinská jelšina s typickým slatinným jelšovým spoločenstvom, Banské a pod. Z ďalších lokalít hodno ešte spomenúť Radvanovské skalky, Štefanovskú borinu s teplomilnou vegetáciou, Petkovský potok s recentne vznikajúcimi travertínmi (penovce), Kelčiansku jelšinu, bučinu pri Vechci a Herlicu pri Petrovciach s teplomilnými spoločenstvami.
V okrese sú známe viaceré lokality vzácnych rastlinných druhov, starých pamätných stromov a vzácnych živočíchov, napr. netopiere a pod. Za chránené územia sú navrhnuté viaceré lokality v Nízkych Beskydách.
Živočíšstvo Vranovského okresu je súčasťou zoocenóz východného Slovenska. Sú tu zastúpené zoocenózy charakteristické pre Východoslovenskú nížinu- časť rovinatú, prechodné zoocenózy charakteristické pre pahorkatiny a konečne pre horskú oblasť Slanských vrchov a Nízkych Beskýd. Špecifické biotopy boli vytvorené antropogénne, napr. v oblasti vodnej nádrže Domaša, rybníka pri Továrnom, v opustených banských dielach a pod.
Doposiaľ sa venovala pozornosť hlavne výskumu stavovcov, preto sa v charaktere živočíšstva Vranovského okresu zmienime iba o tejto skupine. Relatívne dobré sú poznatky o rozšírení rýb v tokoch Ondavy, Tople a ich prítokoch, ako aj vo vodnej nádrži Domaša. Sú tu zastúpené mreny, jalce, slíž obyčajný, lopatka dúhová, pĺž obyčajný, šťuka obyčajná, kapor, vzácne druhy, ako hrúz dlhofúzy, hrúz Kesslerov, hrúz bieloplutvý, kolok malý, plotica obyčajná, úhor riečny. Na prítokoch sú známe pstruhy, sivoň americký, čerebľa potočná. V Domaši bol nasadený kapor, šťuka, zubáč, hrča, lieň a iné druhy.