Takisto tu prevažuje rozmanitosť druhov plazov, rýb a hmyzu.
Nesplavná rieka Jordán formuje severnú časť hranice medzi Izraelom a Jordánskom a medzi Západným brehom a Jordánskom. Rieka tečie cez Galilejské more (116 km2), ktoré poskytuje veľa druhov rýb a dodáva Izraelu viac ako polovicu pitnej vody. Rieka Jordán sa vlieva do Mŕtveho mora (1020 km2), čo je veľmi slané jazero, poskytujúce veľa dôležitých minerálov. Časť Mŕtveho mora leží v Izraeli, časť v Západnom brehu a časť v Jordánsku. Ďalšie rieky v Izraeli sú Yarqon, ktorá tečie cez Tel Aviv a Qishon, ktorá sa vlieva do Stredozemného mora blízko Haify. Pobrežie Izraelu zahrňuje západnú časť Stredozemného mora a južný hrot Červeného mora. Pobrežie má niekoľko mysov a zálivov. Prístavy Haifa a Ashdod slúžia ako významné prístavy v Stredozemnom mori. Prístav Elat v zálive Aqaba slúži Izraelu na prístup do Červeného mora.
Hoci väčšinu púštneho regiónu pokrývajú neúrodné pôdy, sever Negevskej púšte, pobrežné roviny a vnútorné údolia poskytujú oblasti s úrodnými pôdami. Odhadom asi 21 % Izraelu je využívaná na pestovanie a sady. Veľmi obhospodarovateľné pôdy vyžadujú zavlažovanie a manažment ich úpravy (hnojenie...). Zo 4370 km2 obhospodárovateľnej pôdy je 44 % zavlažovanej. Mŕtve more poskytuje hodnotné minerály ako uhličitan draselný, bróm, horčík, väčšina zo všetkých vyťažených smeruje na export. Negevská púšť obsahuje veľa nálezísk minerálov, ako napríklad meď, fosfát, bróm, íl. Malé množstvá ropy a zemného plynu boli nájdené blízko Mŕtveho mora a na juh od Tel Avivu.
Izrael má typické stredomorské podnebie s chladnými daždivými zimami a teplými, suchými letami. Teploty sa značne menia s nadmorskou výškou, vzdialenosťou od mora a dominatnými vetrami. Január je najchladnejší mesiac a august je najteplejší mesiac. V náhorných oblastiach, ako napríklad v Jeruzaleme je priemerná januárová teplota 9 oC, kým v auguste priemerná teplota vystúpi na 24 oC. V pobrežných rovinách, v mestách ako Haifa alebo Tel Aviv je priemerná teplota v januári 12 oC a v auguste 25 oC. Mráz sa vyskytuje niekoľko dní v pohoriach vnútri štátu a cez leto sa v údolí rieky Jordán a v púštnej oblasti môžu teploty vystúpiť až na viac ako 30 oC. Okolo 70 % ročných zrážok padne od novembra do februára. Množstvo zrážok klesá zo severu na juh a zo západu na východ. Najvyššie často Galilejských vrchov dostávajú okolo 1000 mm zrážok ročne, Júdejské pohorie okolo 700 mm a Negevská púšť okolo 100 mm. Elat, najsuchší bod (miesto) Izraelu dostáva iba 25 mm zrážok ročne. Sneh padá v najvyšších častiach pohorí počas najchladnejších mesiacoch.