Zrážky sú vďaka hornatému terénu a tesnej blízkosti mora po celý rok výdatné a v najvyšších polohách na Hokkaide a Honšú je stála snehová pokrývka. Celé Japonsko dostáva viac než 1000 mm zrážok, centrálne Japonské Alpy potom viac ako 2500 mm.

Podnebie Nadmorská priemerné Teploty ročný úhrn
Rok 1993 výška január Júl zrážok
Hokkaidó 18 m -5,8C 19,7C 1136 mm
Tokio 6 m 3,2C 24,8C 1563 mm
Kagošima 25 m 6,5C 26,2C 1920 mm


Rok1963: Úhrn zrážok Leto a zima, teplota
Juh 1500 mm Zimy sú veľmi mierne a suché; letá teplé a vlhké
Východ 1000 až 1500 mm Teplota pod bodom mrazu; Leto je vlhkejšie než zima.
Západ 1000 až 1500 mm Veľké zrážky, oblačnosť a hmly v zime. Sever oblasti je ešte chladnejší než juh.
Sever 1000 mm Drsné zimy a chladné letá; Najviac naprší na jeseň a najmenej na jar.


1.4 Pôdy

Pod vplyvom rozdielnosti podnebia sa vytvorili v Japonsku rôzne typy pôd, od sivých podzolových na severe až po žlté pôdy na juhu. Pri vzniku pôd hrá dôležitú úlohu veľká svahovosť terénu. Na prudkých svahoch sa neudrží hrubšia vrstva pôdy a je odnášaná intenzívne pôsobiacimi dážďovým tokom. Červené a žlté pôdy na juhu vznikli laterizáciou, pri ktorej dochádza ku koncentrácii železa a alumínia. Zvláštnym druhom pôd sú tmavé a neúrodné pôdy ,,ando“, ktoré vznikli z vulkanického popola. Najrozšírenejšie sú na juhu Kjúšú, na juhovýchode Honšú a na juhovýchode Hokkaida. Pobrežie má pôdy piesčité alebo ílovopiesčité. Pre poľnohospodárstvo sú najdôležitejšie aluviálne pôdy. Zaberajú asi 15% všetkých pôd. Veľakrát sú v zlom stave. Príčin je niekoľko, hlavne však storočné využívanie, niekde zlé odvodnenie. Dobré poľnohospodárske pôdy sú i na priliehajúcich svahoch aluviálnych obvodoch, pozdĺž toku a pri pobreží.
1.5 Flóra a fauna


Približne dve tretiny územia pokrývajú lesy. Na niekoľkých miestach sa uchoval aj pôvodný pralesovitý porast. Bambusové lesy siahajúce svojím severným okrajom až k Tokiu poskytujú úžitkové drevo a bambusové výhonky. Používajú sa ako zelenina. Čerešňové stromy sakury, veľmi cenené pre svoje kvety, sa vysádzajú po celej zemi a v horách rastú aj na divoko. V Japonsku sa rozlišuje päť vegetačných pásiem. Rjúkjú, Boninské súostrovie a Vulkánové ostrovy, najjužnejšia oblasť siahajúca až k obratníku Raka, je pokrytá subtropickými dažďovými lesmi, v ktorých nájdeme kafrovníky, stromové papradie a morušovníky. Druhá vegetačná subtropická zóna sa začína na svahoch juhozápadných ostrovov viac než 2000 rokov starými cedrovníkmi.