V tomto období sa datuje aj vznik neo-konfucianizmu v osobe filozofa ZHU XI, ktorý svojou metafyzikou ovplyvnil dovtedajšie konfuciánske učenie natoľko, že sa neokonfucianizmus stal fundamentom čínskej štátnej ideológie, na ktorom stál čínsky štátny systém až do rozpadu cisárstva v r. 1911.

PRVÁ CUDZIA NADVLÁDA

S ovládnutím Číny mongolskými kmeňmi na čele KUBLAI-chánom, ktorý sa vojensky zmocnil celého čínskeho územia, sa začína v krajine panovanie prvej cudzej dynastie YUAN (1280-1339). Novým hl. mestom sa stal Kambalik, dnešný Peking, na severe krajiny. V tomto období dochádza k ďalšiemu stretnutiu Číny s kresťanstvom, a to v dôsledku misionárskeho úsilia niekoľkých františkánov, ktorí - napr. WILHELM VON RUBRUK (+1270), ODORICO DA PORDENONE (+1331) - prišli na základe pápežského poverenia na cisársky dvor. Výnimočnou postavou je medzi nimi JOANNES DE MONTECORVINO, ktorý do Kambalika zavítal v r. 1294 a s povolením cisára tu zriadil prvý kostol. Ako arcibiskup účinkoval v hl. meste niekoľko rokov. Františkánski misionári sa však vo svojej činnosti obmedzovali predovšetkým na pokresťančovanie Mongolov, následkom čoho sa nevytvorila Cirkev s čínskymi kresťanmi. Zánikom mongolskej nadvlády boli teda zároveň sčítané dni aj pre hŕstku tamojších kresťanov.
Avšak neboli to iba kresťanskí misionári, ktorí sa pričinili o to, že Ríša stredu sa stala v Európe známou. Najväčšiu publicitu v Európe totiž získal taliansky cestovateľ MARCO POLO, ktorý v r. 1271 až 1295 (údajne) precestoval celú Čínu. Jeho cestopisy z tajuplnej a bohatej ríše Katai (Čína) vzbudili na Západe údiv a prekvapenie.
Počas dynastie MING (1368-1644) sa podarilo čínskemu roľníckemu povstaleckému hnutiu striasť sa mongolskej nadvlády a vybudovať národnú vládu. Znovu bola zavedená úradnícka byrokracia a totálny despotický absolutizmus čínskeho cisára. Nový štátny poriadok priniesol veľký hospodársky i kultúrny rozkvet, ako aj nárast obyvateľstva z 50 mil. v 14. st. na vyše 150 mil. začiatkom 17. st. Cisári z dynastie MING rozšírili čínsku ríšu viacerými vojenskými operáciami smerom na západ, ale i na juh, kde sa do sféry čínskeho vplyvu dostalo aj územie Vietnamu. Väčšie lodné výpravy, ktoré sa dostali až do Afriky a na Madagaskar, sa nakoniec stali iba epizódou v čínskych dejinách, nakoľko sa Číne nikdy nepodarilo natrvalo operovať väčšou lodnou flotilou.
Pre stretnutie Číny so Západom a kresťanstvom majú dôležitejší význam kontakty s európskymi prímorskými krajinami ako Portugalsko, Španielsko, neskôr Anglicko a Holandsko, ktoré boli možné - aj napriek čínskej politickej izolácii - po objavení nových námorných ciest okolo Afriky. Spolu s obchodníkmi prichádzajú na čínske územie opäť aj kresťanskí misionári. Najprv to boli jezuiti, neskôr františkáni a dominikáni.