Zalesnené centrálne vrchoviny spadajú k pobrežiu do rozsiahlých nížin vytvorených najväčšími riekami Indonézie Kapuas, Barito a Kutai.
Ostrov Sumatra tvorí dve oblasti. Bažinaté a lesmi pokryté nížiny zaujímajú väčšiu časť južnej polovice ostrova. Celým ostrovom sa od severozápadu k juhovýchodu tiahne sopečné pohorie s viac než 10 činnými vulkánmi (najvyšší Kerinci 3805 m), ktoré sa v južnej časti nazýva Barisan. Početné sú i krásne kráterové jazerá (najväčšie je Toba).
Za úzkym Sundským prielivom s povestnou sopkou Krakatoa sa rozkladá hornatý, ale silne zaľudnený ostrov Jáva. Dlhé vulkanické pásmo, ktoré tvorí os ostrova, zahrňuje 50 činných sopiek (najvyššia Semeru 3676 m) a ďalších 17 vyhasnutých, resp. spiacich. Úrodné údolia a nížiny po oboch stranách pohoria sa rozširujú hlavne na sever a severovýchod až na plochý ostrov Madura. Vulkanické pohorie pokračuje z Jávy cez Malé Sundy (ostrovy Bali, Lombok, Sumbawa a Flores) a mizne v Bandskom mori reťazcom ostrovných sopiek. Sumba a Timor, ležiace južne od hlavného ostrovného reťazca, sú hornaté, ale nie sopečné ostrovy. Divoký a členitý ostrov Sulawesi tvoria štyri hornaté polostrovy, ktoré vybiehajú z centrálnej žulovej vrchoviny. Na severovýchod sa tiahne najdlhší polostrov Minahassa s niekoľkými sopkami, najväčších výšok (cez 3000 m) však dosahuje pohorie v strede a na juhu ostrova. Tak isto južné Moluky sú veľmi hornaté (na ostrove Seram 3055 m), severné majú zase rad činných sopiek. Novou Guineou sa tiahne mohutné horské pásmo Maoke s najvyššou horou Indonézie Puncak Jaya (5030 m). Južnú polovicu ostrova vyplňuje rozsiahla náplavová nížina pokrytá močiarmi a nepriechodným pralesom. Podnebie
Súostrovie má rovníkové tropické monzúnové podnebie s malými výkyvmi teplôt (priemerná teplota sa pohybuje medzi 25 a 27°C), ktoré sú ďaleko viac ovplyvňované nadmorskou výškou. Ale len na Sumatre a Sulawesi sa vyskytujú rozsiahlejšie územia s chladnejšou klímou. Najvyššie partie hôr v Západnom Iriane dokonca pokrýva sneh.
Väčšina územia Indonézie má okolo 2000 mm zrážok, ale existujú i značné rozdiely ovplyvnené polohou voči monzúnovému prúdeniu. Od septembra do februára vanie severozápadný monzún, od júna do augusta prevládajú juhozápadné a južné vetry. Preto tiež najväčšie zrážky dostávajú juhozápadné svahy hôr (4000-6000 mm), ale vzdialenejšie ostrovy (východné Malé Sundy) a polohy v zrážkovom tieni na Celebese vykazujú aj menej než 1000 mm zrážok.
Rastlinstvo a živočíšstvo
Nížinné pobrežie na južnom Borneu a východnej Sumatre tvoria rozsiahle bažinaté mangrovy.