Podľa dohody z roku 1824 Holandsko kontrolovalo aj zostavajúce ostrovné oblasti. V 30. a 40. rokoch došlo k povstaniam na Jáve a Sumatre, ale holandská územná expanzia pokračovala až do 20. storočia. Od jeho začiatku začína vzostup národnostného hnutia formovaním islamskej strany. V roku 1927 založil Ahmed Sukarno (1901 – 70) Národnú stranu Indonézie. V roku 1942 napadli Indonéziu Japonci a Sukarna ustanovili jedným zo správnych úradníkov. Keď v roku 1945 Japonci kapitulovali, Sukarno vyhlásil nezávislosť Indonézie. Nasledovala holandská a britská intervencia, ale už roku 1947 Holandsko uznáva Indonézsku republiku na Jáve a Sumatre. V Záp. Iriane zostali Holanďania až do roku 1962.
Roku 1957 Sukarno vyhlásil politiku tzv. riadenej demokracie. Jeho dlhá vláda bola poznamenaná korupciou, ekonomickými problémami a konfliktami s Malajziou. Sukarno mal nepriateľský vzťah k západným krajinám, hlásil sa ku komunistickej ideológii, stupňoval moc diktatúry, ale nakoniec stratil hlavného spojenca, armádu. Prevrat v roku 1965, kedy prevzal kontrolu nad armádou generál Suharto (nar. 1921), bol sprevádzaný masakrami komunistickej a ľavicovej opozície. V roku 1967 bol Sukarno donútený odovzdať výkonné a prezidentské právomoci Suhartovi a neskôr ho dali do domáceho väzenia. Suharto bol v r. 1968 menovaný prezidentom, sľúbil návrat k demokracii a úspešne otvoril hospodárstvo zahraničným investíciam. Podstatná časť politickej moci bola prenesená na vládou kontrolovaný Spojený sekretariát funkčných skupín (GOLKAR), ktorý, hoci nebol klasickou politickou stranou, získal v parlamentných voľbách r. 1971 i 1977 väčšinu. V r. 1975 získal Východný Timor, ktorý od roku 1520 patril Portugalcom, nezávislosť, ale okamžite tam vtrhla indonézska armáda a pripojila ho k Indonézii. Demonštrácie, ktoré sa na Timore konali r. 1991, boli krvavo potlačené. Navzdory odporu opozície bol r. 1988 Suharto po piaty raz zvolený prezidentom. I cez trvalý hospodársky rast sa prejavuje nespokojnosť a začiatkom 90. rokov požadovala väčšiu demokraciu i armáda. Štátne zriadenie
V praxi je Indonézia prezidentskou republikou, prezident je i predsedom vlády a má rozsiahle právomoci. Politická moc sa opiera o pôvodnú ústavu prijatú po vyhlásení nezávislosti a predpokladajúcu vládu prostredníctvom prezidentských výnosov. Prezidentovi asistuje kabinet ministrov a ďalší vysokí štátni úradníci, ktorých sám menuje i odvoláva. Najvyšší zákonodarný orgán – Ľudové poradné zhromaždenie (1000 členov) – sa schádza raz za päť rokov, volí prezidenta a potvrdzuje generálnu politickú líniu.