Británie a Francie dohodu, podle níž muselo Československo odstoupit Německu pohraniční oblasti obývané převážně německým obyvatelstvem. Oslabené Československo bylo vydáno napospas zvůli nacistického Německa. 6. října 1938 byla vyhlášena autonomie Slovenska. Prezident Beneš abdikoval a v listopadu 1938 se novým prezidentem stal E. Hácha. 2. listopadu muselo Slovensko a Podkarpatská Rus odstoupit svá jižní území Maďarsku. Nacistická agrese vyvrcholila v březnu 1939, kdy slovenský sněm 14. března na Hitlerův nátlak vyhlásil samostatnou Slovenskou republiku. Následující den, 15. března, okupovalo Německo Čechy a Moravu. Slovenská republika
Slovenská republika byla nucena přijmout tzv. ochrannou smlouvu, podle níž Německo přeměnilo Slovensko na jeden ze svých satelitních států. Prezidentem Slovenské republiky se 26. října 1939 stal J. Tiso. Tlak Německa, podporovaný radikálním křídlem slovenských luďáků (V. Tuka, A. Mach), se stupňoval. V létě 1940 musel prezident Tiso na přímý nátlak Hitlerův připustit k moci radikální proněmecky orientované politiky a musel souhlasit s vysláním německých poradců na Slovensko. V listopadu 1940 přistoupilo Slovensko k Paktu tří velmocí a po účasti na válce proti Polsku se zúčastnilo i válečného tažení proti SSSR. Režim na Slovensku byl totalitní, nedemokratický a slovenská vláda následovala "příklad" nacistického Německa i v řešení "židovské otázky" , což mělo za následek, že více než 60 000 slovenských Židů bylo odtransportováno do vyhlazovacích koncentračních táborů. Proti nedemokratickému režimu a kolaboraci s nacistickým Německem vznikal mezi slovenským obyvatelstvem odpor, který zesílil po německých vojenských porážkách. Rezistence vyvrcholila v srpnu 1944 v ozbrojeném povstání. V říjnu 1944, když se podařilo německé ozbrojené moci povstání potlačit, na východním Slovensku už operovala Rudá armáda, která očišťovala území Slovenska od německých vojsk. Československá exilová vláda v čele s E. Benešem si vytkla za cíl obnovu Československa v jeho předválečných hranicích. Pro tento plán získala podporu západních velmocí i Sovětského svazu. 12. prosince 1943 podepsal E. Beneš v Moskvě Smlouvu o vzájemné pomoci a poválečné spolupráci. Bylo to uznání politické reality, podle které se Československo po válce mělo dostat do sféry sovětského vlivu. V Moskvě byla posléze v březnu 1945 sestavena nová československá vláda, která se vrátila na osvobozené území a 4. dubna v Košicích vyhlásila program obnovy Československé republiky.