V úseku medzi Czorsztynom a Červeným Kláštorom tečie širším údolím, ktoré na úseku medzi Červeným Kláštorom a Lesnicou prechádza do hlbokej prielomovej doliny v dĺžke 8,5 km. Vytvoril ju Dunajec svojou činnosťou vo vápencových horninách od druhohôr až dodnes. Prielom Dunajca patrí k prírodovedecky najzaujímavejším a najhodnotnejším častiam PIENAPu. Dunajec tu v kaňone vytvára štyri hlboké stlačené meandre, po oboch stranách lemované skalnými bralami a vežičkami, ktoré striedajú skalné sutiny a súvislejšie komplexy zmiešaného lesa. Dunajec sa zaraďuje medzi najčistejšie rieky. Na území Slovenska má vysokohorský hydrologický režim. To znamená, že maximálny stav vody v letnom období je priemerne do 320 cm a najnižší od januára do marca: 185 – 195 cm. Priemerný letný prietok je 13,50 m3/sek.
V PIENAPe je málo prameňov podzemných vôd, pretože Dunajec preteká cez flyšové oblasti, ktoré tvoria ťažko priepustné a nepriepustné horniny. Oblasť je pomerne chudobná na minerálne pramene. Jediný zdroj minerálnej vody je priamo v Červenom Kláštore, kde vyviera zemitá sírna glauberova voda s teplotou 10°C. Využitie má len miestny význam.

Klimatické pomery:
Pieninský národný park leží v mierne teplej oblasti, v mierne teplom, vlhkom úseku s chladnou zimou. V oblasti Pienin prevládajú západné až severozápadné vetry ( 46%). Ich priemerná rýchlosť je 3,1 – 4,5 m/sek. Malú aktivitu majú severovýchodné až juhovýchodné vetry, ktoré predstavujú len 5.5% a majú priemernú rýchlosť 3,0 m/sek. Cirkulácia vzduchu je najväčšia od októbra do marca, najmenšia od mája do septembra. Priemerná ročná teplota v okolí Dunajca je asi 6,5°C, na ostatnom území sa mení podľa nadmorskej výšky. Počas roka sú najnižšie priemerné ročné teploty v januári a februári od –6,7 do –5,2°C. Absolútne minimá sa vyskytujú od decembra do februára. Najnižšia teplota dosiahla –36,3°C. Najvyššia priemerná mesačná teplota pripadá na júl a pohybuje sa od 13,7 do 16,4°C. Absolútne maximá sa vyskytujú od júna do augusta – s maximom 34,7°C. Prvé mrazy bývajú okolo 25. septembra a posledné približne 20. mája. V zime býva 36 – 44 dní, keď teplota vzduchu klesne pod –10°C, a v lete 22 – 27 dní, keď teplota vystúpi nad 25°C. Priemerná ročná vlhkosť na území sa pohybuje od 79 do 82%, s najvyššími hodnotami v zime a najnižšími hodnotami v lete. Medzi časté úkazy patria hmly. Počas roka sa tu vyskytuje 56 – 70 dní s hmlou. Najhmlistejšie mesiace sú august až október.