O stave osídlenia a význame Nitry v tomto období výrečne hovoria mohutné slovanské hradiská na Vŕšku, na Martinskom vrchu pod Zoborom, na Borine a na Lupke. Na niektorom z týchto hradísk mohol pobývať knieža Pribina, v čase ktorého bola Nitra dôležitým politickým, vojenským i hospodárskym centrom. Pribina preukázal veľkú štátnickú múdrosť a znalosť európskej politiky, keď v rokoch 829-833, sám pohan, dal vysvätiť v Nitre kresťanský kostol. Vysvätil ho soľnohradský (Salzburg) arcibiskup Adalram. Pribinov kostol je prvým historicky doloženým dokladom kresťanstva u Slovanov na Slovensku. O tejto udalosti sa zmieňuje spisok Conversione Bagoariorum et Carantanorum z roku 870-71. Žiaľ polohu tejto svätyne sa zatiaľ nepodarilo presne určiť, dá sa však predpokladať, že súčasný hĺbkový výskum na hrade vnesie svetlo do tejto problematiky. V ďalšom vývoji bolo Nitrianske kniežatstvo, násilne pripojené Mojmírom ku kniežatstvu moravskému (okolo r.833) a bol vytvorený štátny celok, v prameňoch spomínaný ako Veľká Morava. Po zosadení Mojmíra z kniežacieho stolca sa vládcom Veľkej Moravy stal Rastislav. Na vrchole svojej slávy bola Nitra v čase vlády kráľa Svätopluka. V jednom z najcennejších písomných dokumentov pre slovenské dejiny, liste Jána 8. pre Svätopluka z roku 880 je Svätopluk titulovaný ako kráľ a pápež mu oznamuje ustanovenie Vichinga za nitrianskeho biskupa. Nitra mala vtedy už pravdepodobne mestský charakter a pozostávala z piatich opevnených hradísk a vyše dvadsiatich sídlisk s rozvinutými remeslami. Nitra ostala sídelným mestom pohraničného kniežatstva formujúceho sa Uhorského kráľovstva, a to až do začiatku 14. storočia. Aj počas stredoveku bola dejiskom významných dejinných udalostí, často spustošená rôznymi vojskami, Benediktínsky kláštor sv. Hypolita na úpätí Zobora bol najstarším na Slovensku. Prvá listina poskytuje aj údaje o existencii prvej školy na našom území pri benediktínskom kláštore. V roku 1248 panovník Belo IV, z vďaky za záchranu pred Tatármi, povýšil Nitru na slobodné kráľovské mesto s podobnými výsadami, ako mal Stoličný Belehrad. Týmto výsadám sa Nitra však dlho netešila, lebo už o 40 rokov neskôr ju kráľ LadislavIV daroval aj so všetkým príslušenstvom nitrianskemu biskupstvu. Premena Nitry z kráľovského mesta, na mesto zemepánske mala ďalekosiahle dôsledky. Mesto sa dostalo do nižšej právnej kategórie, no ako biskupské sídlo a významný hrad bola i naďalej významným centrom. Stredoveká Nitra bola rozdelená na Horné a Dolné mesto, ktoré bolo ďalej delené na niekoľko samostatných štvrtí s vlastnými richtármi a obecnými pečaťami. Vznikli tu štyri samostatné fary pri kostoloch sv.