Náhorná plošina siaha na severe Honšú až do strednej časti ostrova, kde dosahuje najvyššie nadmorské výšky. Juhojaponský horský systém je nižší. Tiahne sa od juhu z ostrova Kjúšú severovýchodným smerom dvomi vetvami – severnou, ktorá vedie pozdĺžne smerom Honšú a južnou, ktorá prechádza ostrovom Šikoku na polostrov Kii na Honšú. Tieto vetvy sa opäť spájajú v oblasti prefektúry Fukui. V miestach, kde sa Honšú najviac rozširuje je medzi tieto horské systémy vklinený tretí systém Fudži. Ten sa začína na polostrove Izu a tiahne sa severným smerom až k východným brehom Japonského mora. Vytvára tak prirodzený predel ostrova; severná časť sa nazýva Kantó a južná Kansai. Na západ od Fudži sa tiahnu tri mohutné horské masívy; južný Akaiši, centrálny Kiso a severný Hida. Niekedy sa tieto masívy nazývajú Japonské Alpy. Krajina v tejto oblasti sú využívané najmä na zimný cestovný ruch.
Rovnako sa členia aj vulkanické systémy, na severný, južný a Fudži. Japonské ostrovy patria k najaktívnejším seizmickým a vulkanickým oblastiam na svete. Z asi 190 sopiek je takmer 50 činných. K severojaponskému systému patria aktívne vulkanické formácie, ktoré sa tiahnu od severovýchodnej časti Hokkaida až po centrálne Honšú. Systém je zakončený sopkou Asama. Do južného vulkanického systému patria najmä činné sopky na Kjúšú. Najaktívnejšie sú Aso a Unzen. Aso má najvyššiu kalderu na svete, pozostáva z piatich vrcholov, ktoré vytvárajú pôvodný kráter. Jeho obvod je 80 km. K mimoriadne aktívnym sopkám Kjúšú patrí aj Sakuradžima v Kagošimskom zálive. Horský systém Fudži s ostrovmi Izu, Ogasawara a s centrálnou horskou oblasťou Japonských Álp je tiež vulkanického pôvodu. Oblasť centrálneho Honšú patrí k najaktívnejším seizmickým oblastiam a mnohé zemetrasenia tu často spôsobujú veľké zosuvy pôdy.
V súvislosti s vulkanickou aktivitou japonských ostrovov vyvierajú na mnohých miestach horúce pramene. Vyše 1 800 má liečivé účinky, ale Japonci ich využívali skôr na rekreačné ako na liečebné účely. Z mnohých oblastí s termálnymi prameňmi sa stali kúpeľne strediská. Najznámejšími sú na Hokkaide Noboribecu a Jonezaki, na Honšú Atami, Hakone, Itó, Kinugawa, Nasu, Nikkó a Šiobara. K obľúbeným kúpeľom na Kjúšú patria Beppu a na Šikoku Dógo.
Vodstvo

V
Japonsku je veľa riek, no vzhľadom k hornatému charakteru krajiny sú ich toky pomerne krátke a prudké. Najdlhšia rieka je Šinano, ktorá zavodňuje nížinu Ečigo a vlieva sa do Japonského mora. Ja dlhá 367 km. Na vodu je najbohatšia rieka Tone. Preteká nížinou Kantó a vlieva sa do Tichého oceánu.