Smerom na juh až po Kagošimu v subtropickom pásme prevládajú zmiešané lesy, v ktorých sa mimoriadne darí ihličnatým, typicky japonským stromom, ako sú japonská kryptoméria, japonský cyprus a pínia. Ich kvalitné drevo je dôležitou súčasťou tradičnej japonskej architektúry. Charakteristickou drevinou je aj bambus. ten sa používa i ako protierózna ochrana a ochrana proti zosuvom pôdy. V miernom podnebí Honšú prevládajú rôzne druhy listnatých stromov. Vyniká medzi nimi najmä japonský javor s typickými drobnými lístkami, ktoré sa na jeseň sfarbujú do sýtožltej a ohnivočervenej. Národný strom Japoncov a jeden zo symbolov Japonska je sakura. S rozkvitnutými sakurami súvisí odpradávna tradovaný zvyk hanami, čo je vlastne ľudová slávnosť, počas ktorej sa priatelia a známi vyberú s hojnými zásobami jedla, uloženého v typických škatuľkách zvaných bentó do prírody. Usadia sa pod rozkvitnutými korunami sakúr, veselo sa zabávajú a obdivujú ich kvety.
Japonsko má 2 578 druhov rastlín, najčastejšie sa vyskytujú orlíčky, brusnice, vŕby, ľalie, buky, osiky, brezy a hojné sú i netýkavky. Najväčšie druhové zastúpenie má papraď – nájdeme tu až 198 druhov. Ďalej sú to cyprušteky – 169 druhov, trávy – 148 druhov, 116 druhov roseacei. Nachádza sa tu taktiež 14 endemických druhov.
V Japonsku sa nachádza 7 útvarov: piesky ( napr. Juniperus litoralis ), močiare ( napr. Alisma plantago ), nízke kopce ( borovice, ruže, orličník ), horské lúky ( nízke byliny, ľalie, orchidey ), pobrežie ( trávy ), vysoké lesy ( zakrpatené vŕby ) a horské kosodreviny ( borovica kosodrevinová ). Bohatá fauna Japonska sa podobá stredoeurópskej. Na Hokkaide žije hnedý medveď. Značne rozšíreným druhom je japonský jeleň a daniel, ktorý je podľa šintoistickej mytológie posvätný. Rôznymi legendami je opradený japonský jazvec tanuki. Japonci ho považujú za prítulné, veselé a múdre zviera. Keramické sochy týchto zvierat stojacich na zadných s vystrčeným bielym bruchom a fľašou saké sú často umiestnené pred vchodom do obchodov, reštaurácii a kaviarní, aby prilákali návštevníkov. K zvláštnostiam japonskej fauny patria opice. Tie v severnejších a studenejších oblastiach dokonca objavili blahodárne účinky termálnych prameňov a často ich navštevujú. Niekedy ich dokonca neodradí ani prítomnosť ľudí v prírodných bazénoch. K mnohým chráneným druhom patria aj žeriavy, ktorá sú pre Japoncov symbolom dlhého života, šťastia a zdravia.
Vo vodách Japonska pláve 600 druhov rýb, ako úhory, mihule či zvláštny japonský sumec – Silurus japonicus. V noci možno stretnúť jedného z 10 druhov netopierov. Žijú tu 2 druhy krtkov, 6 druhov žiab, 9 druhov hadov, pričom je jeden jedovatý.