Keď už bolo koncom roku 1918 zrejmé, že Bratislava bude začlenená do ČSR, rozhodli sa predstavitelia mesta premenovať ho na Wilsonov, resp. mesto Wilsonovo, podľa amerického prezidenta T.W. Wilsona. Predstavitelia mesta žiadali, aby ho dohodové mocnosti uznali za otvorné - slobodné mesto. Tento návrh bol však zamietnutý a mesto, ktoré nazývali Pressburg, Pozsony, Prešpork, bolo pričlenené v januári 1919 k ČSR. Nové pomenovanie mesta bolo schálené 27. marca 1919. Na mape Európy sa objavila Bratislava.
V medzivojnovom období sa Bratislava vyvíjala pomerne harmonicky. Nezanedbateľným momentom bol vznik moderných vysokých škôl, vedeckých a kultúrnych inštitúcií celoeurópskeho významu. V tomto čase mesto zaznamenáva urbanistický, architektonický, priemyselný a výrobný rozvoj smerom ku kvalite. V príkladnej tolerancii až do obdobia druhej svetovej vojny tu žili viaceré národnostné a kultúrne spoločenstvá ako slovenské, nemecké, maďarské, židovské, české, chorvátske a iné. Dňa 14. marca 1939 po rozbití ČSR sa stala Bratislava hlavným mestom samostatného Slovenska. Mesto sa stalo sídlom prezidenta, parlamentu, vlády a všetkých úradov štátnej správy. Stratilo však časť svojho územia, pretože súčasťou Nemecka sa stala Petržalka a Devín.
Bratislavu priamo zasiahli aj udalosti druhej svetovej vojny. Pri bombardovaní mesta americkým letectvom 16. júna 1944 bola zničená predovšetkým rafinéria Apollo, no zasiahlo aj obytné štvrte. Od júna 1944 do apríla 1945 trvala v meste vojnová situácia, mesto bolo v rukách nemeckej armády. Bratislavu oslobodila Sovietska armáda 4. apríla 1945.
Po druhej svetovej vojne sa situácia v Bratislave zásadne zmenila. Hneď po oslobodení z mesta odsunuli väčšinu obyvateľstva nemeckej a maďarskej národnosti. Rozhodnutím Národného výboru z 1. apríla 1946 sa uskutočnilo dávnejšie plánované pripojenie susediacich obcí k mestu. Vznikla tak tzv. Veľká Bratislava. Po februári 1948 sa Československo stalo súčasťou socialistického tábora. Koniec štyridsiatych a začiatok päťdesiatych rokov sa niesol v znamení prestavby a opätovnej výstavby vojnou zničených častí mesta, najmä však priemyselných podnikov, ktoré sa po roku 1948 znárodnili. Do života obyvateľov zasiahli aj komunistické represálie v päťdesiatych rokoch.
Ďalším významným politickým aktom, ktorý sa odohral v Bratislave, bolo podpísanie Zákona o československej federácii 30. novembra 1968 na medzičasom zrekonštruovanom Bratislavskom hrade. Bratislava týmto zákonom získala štatút hlavného mesta SSR. Od 1. januára 1993 je Bratislava hlavným mestom samostatnej Slovenskej republiky.