Väčšinou povrchu nížiny pokrýva hlina, štrk a piesok, iba pri pobreží miestami vystupujú na povrch staršie sopečné horniny na viacerých miestach je zamokrená, preto sa jej pobrežný pás volá Moskytie povrežie. Pobrežie Karibského mora je ploché, vlhké, nezdravé, má málo vhodných prístavíšť. Ohrobujú ho viaceré lagúny, z ktorých najväčšia je Laguna Las Perlas.
Na západe sa centrálna horská oblasť dosť strmo znižuje do dlhej preliačiny, ťahajúc sa paralelne s tichooceánskym pobrežím od severozápúadu na juhovýchod. Je to tektonická priekopa vinúca sa od zálivu Fonseca po hranice s Kostarikou. Vznikla na páse zlomov zemskej kôry, ktorý sa vyznačuje vysokou sopečnou a seizmickou aktivitou. V preliačine leží veľké Nikaragujské a Managujské jazero. Sopky sa vyskytujú väčšinou v dlhom páse medzi preliačinou a úzkym pruhom tichooceánkej pobrežnej nížiny. Podnebie Nikaraguy je tropické pasátové a na väčšine územia mimoriadne vlhké. Najviac naprší na východe. Toto územie patrí do klimatickej oblasti Karibského mora a má zrážky rozdelené rrovnomerne vo všetkých ročných obdobiach. Priemerné ročné teploty dosahujú 25-28 °C. V pohoriach prevažuje horské podnebie s podstatne nižšími teplotami, pohybujúcim sa okolo 16 °C. Západná časť Nicaraguy leží na záveternej strane pohorí so subrovníkovým podnebím a teplotami podobnými ako na východe, ale s oveľa nižšími zrážkami, ročný chod zrážok je nerovnomerný. Najviac ich spadne počas obdobia dažďov od mája do októbra, prerušeného v júli krátkym medziobdobím sucha. Tieto časti krajiny majú na odidlenie najvhodnejšie podnebie. Povrchové vodstvo tvorí hustú sieť riek a jazier. Najdlhšie rieky stekajú z Kordiller na východ do Karibského mora. Najväčšie z nich sú pohraničné rieky San Juan, Coco, ďalej Rio Grande, Siguia. Krátke rieky na západe štátu ustia do Tichého oceánu, alebo jazier. Pôvodné rastlinstvo sa najlepšie zachovalo vo východnej časti Kordiller a na Moskyťom pobreží. V pohoriach výrazne prevažujú borovicové lesy las segovias. Časté sú rastlinné formácie zložené z borovíc, dubov a tráv. Východné nížiny pokrývajú najmä močiarsdké lesy, dubové lesy a savany, ktoré vznikli na miestach´, kde bol les vypálený alebo vyklčovaný. Pôvodné rastlinstvoje tu značne zmenené činnosťou človeka, najmä v dôsledkku zakladania plantáží. V živočíšstve patriacom k neutropickej zoogeografickej oblasti sú typickými druhmi opica, tapíre, pekári, mravenčiare. Vyskytuje sa veľa druhov hlodavcov, netopierov, vtákov a plazov. Z prírodných zdrojov má prvoradý význam vzácne drevo z lesov, pokrývajúcich asi polovicu územia štátu.