Väčšinu Egypta zaberajú monotónne púštne pustatiny. Aj napriek tomu možno územie rozdeliť do štyroch geografických oblastí. Asi 2/3 plochy krajiny predstavuje prevažne vápencová plošina, ktorá sa skláňa od sudánsko - líbyjských hraníc, kde skalné vrcholky dosahujú takmer 2000 m, k severu do veľkej Kattárskej preliačiny a na východ do údolia Nílu. Táto rozsiahla oblasť je hlavne v nižšie položených častiach pokrytá Líbyjskou púšťou. Nílske údolie deliace územie Egypta na dve časti je len 8-16 km široké. Už pri Káhire sa Níl začína vetviť do širokej delty rozprestierajúcej sa na pobreží od Alexandrie (na západe) po Port Said (na východe). Na hornom toku vzniklo výstavbou 111 m vysokej Asuánskej priehrady rozsiahle Násirovo jazero, ktoré zaplavilo údolie vo vzdialenosti 300 km až na územie Sudánu. Súbežne s Nílom a Červeným morom sa tiahne dlhé pohorie tvorené zerodovanými vápen-covými a pieskovcovými plošinami a masívy, pokryté na miernejších západných svahoch Arabskou alebo tiež Východnou púšťou. Jeho východná časť na hraniciach so Sudánom je považovaná za výbežok Etiópskej vysočiny. Najsevernejší výbežok Červeného mora tvorí Suezský záliv, spojený s Búr Saídom pri Stredozemnom mori 195 km dlhým Suezským prieplavom. Východne od prieplavu leží trojuholníkový Sinajský polostrov, vyplnený prevažne kamenitou vápencovou plošinou. Tá sa na juhu dvíha do žulových pohorí s najvyššími vrcholmi Egypta Džebel Katherína a Džebel Sinaj. Severnú časť pokrýva púšť a pozdĺž pobrežia sa tiahne úzka nížina. Prevažná časť Egypta má vnútrozemské suché a horúce púštne podnebie. Letá sú bez zrážok s teplotami dosahujúcimi 50 °C. V zime klesá teplota v púšťach v noci pod bod mrazu. V priemere prší len 7 dní v roku, a to v zimnom období. Na jar vietor chamsín vanúci vytrvalo zo Sahary prináša teplo, prach, pieskové búrky. Len severné pobrežie má miernejšie stredomorské podnebie. V Egypte nie sú žiadne lesy. Palmové háje a porasty duny thébskej sa vyskytujú v oázach a pozdĺž Nílu, kde sa tiež darí niektorým vodným rastlinám, predovšetkým rákosiu. Väčšina púští je holá, ale v Arabskej púšti na východe bežne rastú tamarišky, mimózy a suchomilné trávy. V údolí Nílu sa mnoho druhov sťahovavých a ďalších vtákov živí rozmanitými rybami. V nílskej delte žijú diviaky, líšky, volavky a ibisy. Púštnu zver zastupujú gazely, hyeny, šakaly, množstvo hlodavcov, škorpiónov a hmyzu.