Na území mesta stekajú 2 najvýznamnejšie toky, Torysa a Sekčov. Rieka Torysa pramení v Levočských vrchoch a do Prešova sa dostáva po toku dlhom cca
73 km, pričom odvodňuje nad mestom plochu 675 km2. Najsuchším mesiacom u Torysy je január, kedy je značná časť zrážok viazaná v podobe snehu. Najvodnatejším mesiacom je naopak marec. Najvýznamnejším prítokom Torysy je rieka Sekčov. Pramení v pohorí Čergov a odtiaľ aj pochádza voda jeho väčšiny prítokov. Tok je dlhý 44,3 km a odvodňuje povodie veľké 355 km2. Z hydrologického
hľadiska je zaujímavý vodný režim, teda zmeny vodnatosti tokov počas jednotlivých období roka. Obidva hlavné toky Sekčov i Torysa, majú vodný režim podobný.

Pôdy: Priaznivá poloha Prešova v širokej depresnej polohe a nízkej nadmorskej výške má za následok, že pôdy jej okolí i priamo v meste sú pomerne úrodné a vhodné a vhodné na pestovanie i náročnejších plodín.Široké nivy Torysy a Sekčova sú pokryté úrodnými nivnými a čiastočne i lužnými pôdami, ktoré sú síce
ohrozované záplavami, ale oddávna boli využívané na intenzívne pestovanie, predovšetkým zeleniny.Problematika ochrany pôdy na území mesta súvisí predovšetkým s ochranou poľnohospodárskeho pôdneho fondu, a to kvalitatívne- pred skládkovaním odpadov, poľnohospodárskou a priemyselnou činnosťou,ťažbou dreva, eróziou a plošným splachom, aj kvantitatívne- v súvislosti s plošným rastom intravilánu a úbytkom poľnohospodárskej pôdy. Poľnohospodárska pôda zaberá circa 2196 ha (t.j. 36% z rozlohy mesta), z toho pripadá 1149 ha na ornú pôdu. Rovnaké zastúpenie (1/2) má aj lesná pôda. V rozlohe aj kvalite pôdneho fondu sa prejavujú negatívne tendencie rozširovania intravilánu výstavbou. Kvalita pôdy je ohrozovaná najmä toxickými a ropnými látkami z priemyselných podnikov, divokými skládkami a nevhodným skladovaním hnojív na poľnohospodárskych dvoroch či napr. ťažkými mechanizmami pri ťažbe dreva (ako v rekreačnej oblasti Kvašná voda). Vegetácia: Nivu Torysy, Sekčova, Delne a niektorých významnejších potokov pokrývali tzv. mäkké a tvrdé lužné lesy (Jaseňovo – brestovo- dubové a jelšové). Podstatnú časť okolia potom v minulosti pokrývali dubovo – hrabové lesy. Dnes je väčšia plocha súvislých dúbrav hlavne severne od Prešova (Dúbrava
393m, Okrúhliak 391), menšie plochy v blízkosti Cemjaty a Borkúta. Najvyššie časti okolia Prešova pokývali bukové lesy- bučiny. Jednalo sa najmä o Šarišský hradný vrch, Kapušiansky chrbát a vyššie časti Slanských vrchov, kde táto drvina dodnes prevláda.