Sovy zastupuje výr skalný (naša najväčšia sova), kuvik vrabčí (najmenšia sova) a iné. Z mnohých druhov spevavcov sú to pinka lesná, hýľ lesný, sojka škriekavá, viac druhov sýkoriek a ďalšie. Najvyššie polohy, najmä subalpínsky a alpínsky vegetačný stupeň, obývajú pre Tatry charakteristický kamzík vrchovský tatranský a svišť vrchovský tatranský. Ich početnosť v poslednom období neustále klesá. Kamzíkov je v TANAP-e približne 300 kusov, svišťov maximálne 900 kusov, čo sú kritické stavy vyžadujúce zvýšenú pozornosť a ochranu. Z vtákov možno v najvyšších polohách pozorovať vrchárku červenkavú, ľabtušku vrchovskú či vzácneho murárika červenokrídleho. Vzdušný priestor nad hrebeňmi Tatier najčastejšie patrí orlovi skalnému a krkavcovi čiernemu. Krkavec dnes patrí k bežným druhom, zatiaľ čo orly žijú na území TANAP-u už iba v niekoľkých pároch. Pri horských potokoch žije vodnár potočný, trasochvost biely a horský, bocian čierny, bocian biely a vzácna vydra riečna. Najmä na Štrbskom a Popradskom plese je v posledných rokoch hojná kačica divá.
Hranice TANAPu, vyznačené na všetkých prístupových cestách, tvorí na severe štátna hranica medzi SR a PR, na východe cesta Ždiar - Tatranská Kotlina, na juhu približne spodná hranica pásma lesov a na západe Suchá dolina, Biela skala, ponad Zuberec na Oravice a oravskou Tichou dolinou k štátnej hranici. Úlohou TANAPu je udržanie pôvodného stavu prírodného prostredia dôslednou ochranou a usmernením využívania horstva pre účely rekreačné, liečebné a športové. V Tatranskej Lomnici sa nachádza Správa TANAPu, Štátne lesy TANAPu, Expozícia tatranskej prírody, Výskumná stanica a Múzeum TANAPu. Tatranská horská služba ako špecifické pracovisko ŠL TANAPu má sídlo v Starom Smokovci.