V poézií našiel prostriedok, ako živiť v ľude vieru v krušných časoch národnej a sociálnej neslobody. V baladách vyslovil potrebu dodržiavať mravné zásady, ktorých porušenie sa trestá. Botto ako odchovanec národnoobrodeneckých ideálov epochy romantizmu hľadal v jánošíkovskej tematike podnety vyjadriť svoje vlastenecké a protifeudálne názory. Už v čase levočských štúdií napísal lyrickú Pieseň Jánošíkovu, ktorá obsahuje niektoré črty hrdinských činov Jánošíka a tvorí východisko pre neskoršiu skladbu Smrť Jánošíkova. Táto vznikla v porevolučných rokoch, v období najväčšieho národného a sociálneho útlaku Bachovho absolutizmu. V dôsledku tejto pochmúrnej situácie sa Jánošík v básnikovom zobrazení nepoddáva v hrdinských, bojových situáciach, ako je známy z ľudového podania. Bottov Jánošík už len s trpkosťou spomína na svoj odboj (Smrť Jánošíkova : „Zbíjal som ja, zbíjal, boj za pravdu bíjal“) a vyjadruje náladu jeho generácie po neúspešnej revolúcií. Postava Jánošíka potom už nepredstavuje len odboj proti feudálnej zvôli, ale aj úvahy súvekého vlastenca v boji za národnú slobodu. Majstrovsky tu rozvinul jánošíkovskú tému. Heroizmus a tragika Jánošíka symbolizuje osud slovenskej romantickej generácie. Postava Jánošíka nie je historická, autor sa inšpiroval ľudovými povesťami a rozprávkami. Po dlhé roky bolo toto dielo zdrojom národného povedomia.
Smrť Jánošíkova je lyricko-epická skladba, autorom nazvaná romancou. Skladá sa z predspevu a deviatich spevov. Spevy sa kompozične líšia, nájdeme tu prevládajúci opis a charakteristiku – I. spev; prerozprávanie zlapania – II. spev; žalospev – III. spev; reflexie – IV. a V. spev. Dejová línia je slabá, bez epizód. Prevláda 12 – slabičný verš s prestávkou po šiestej slabike. Napriek výnimočnosti života zbojníkov si autor vyberá zlapanie, väznenie a popravu Jánošíka, čím symbolizuje stav národného hnutia po neúspešnej revolúcii 1848/49. Zjednocujúcim kompozičným prostriedkom jednotlivých spevov je princíp kontrastu, protikladu. Napr. vatra horiaca - vatra zhasínajúca, sloboda vo voľnej prírode - štyri steny temnice, tma - svetlo, noc - deň, skutočnosť- alegória. Jánošík je v prvých dvoch spevoch predstaviteľom protifeudálneho odboja a postavou z ľudovej slovesnosti. V IV. speve sa mení na romantického hrdinu a v V. speve je alegorickou bytosťou. I. spev: Dielo začína obrazom vatry a hôrnych chlapcov. Žijú slobodne, vedia o nich až v Budíne. V očiach ľudu sú vykonávateľmi spravodlivosti. Jánošík výzorom a vlastnosťami zodpovedá ľudovej tradícii. Má nezvyklé oblečenie - červený dolomán, zelenú košieľku - a zbraň.