Sin dall’inizio del romanzo si scopre che la biblioteca è protetta da un alone di mistero che tutti i monaci, dall'abate al più semplice dei novizi, contribuiscono a rimarcare. Quando i due protagonisti riescono a svelarne il segreto, viene rivelata la sua complessa struttura: l'ultimo piano dell'edificio é diviso in cinquantasei locali, di cui uno (il "finis afriacae") accessibile solamente tramite un passaggio segreto, e ogni locale presenta un cartiglio con inciso un versetto dell'Apocalisse, sul quale é evidenziata una particolare lettera. La lettura in sequenza di queste lettere crea parole che indicano specifiche sezioni, come ad esempio: Iudaea, Aegyptius, Anglia, Yspania o Roma, che il bibliotecario usa per orientarsi e sistemare i libri. La collocazione di queste sezioni rispecchiava la posizione di questi territori sulle carte, così a settentrione c'erano le sezioni Anglia e Germani, a meridione Roma e Yspania e ad occidente Hibernia. La biblioteca é senza dubbio l’ambiente meglio descritto, anche perché é su di essa che in pratica verte l’intera storia, ma alla fine del romanzo essa verrà distrutta dall’incendio causato da una torcia, facendo così in modo di cancellare tutti i suoi segreti.

3. Sistema dei personaggi

Senza dubbio il personaggio più importante é Guglielmo da Baskerville, un frate francescano che aveva svolto la funzione di inquisitore ma che adesso deve vestire i panni di investigatore per risolvere il mistero degli omicidi all’interno dell’abbazia. É un uomo alto e magro; ha occhi acuti e penetranti con sopracciglia folte e bionde, naso affilato e un viso allungato coperto di lentiggini. Il suo nome deriva da quelli di due diversi personaggi; il nome é quello di Guglielmo da Occam, un filosofo empirista che per le sue idee si basava sull’esperienza, mentre il cognome deriva dal titolo di un famoso romanzo della serie di Sherlock Holmes dello scrittore Conan Doyle, “Il mastino di Baskerville”. Non poteva esserci due personaggi più adatti per la figura di Guglielmo da Baskerville, che più volte nel libro (per citarne una, la discussione con l’erborista Severino) ci dimostra la sua preparazione nello studio, la sua astuzia e la sua capacità di osservazione. Dal punto di vista simbolico Guglielmo rappresenta la voglia di conoscere e la razionalità.
Un altro personaggio importante é l’aiutante di Guglielmo, Adso da Melk, il cui nome ricorda quello dell’assistente di Sherlock Holmes, il dottor Watson.