V útlom nedokončenom dielku Nová Atlantída vylíčil Bacon svoju predstavu o ďalšom pokroku vedeckého bádania, ktoré v jeho dobe činilo prvé kroky k samotnej existencii a rozbíjalo okovy stredovekej scholastiky. (Novoveká veda narúšala učenie cirkevných autorít, ktoré zdôvodňovalo triedne panstvo vládnucej triedy - feudálov.) V čele boja za pokrok vedy stáli vtedy takí hrdinovia ako Galileo Galilei, či Giordano Bruno. V Novej Atlantíde sa dozvedáme o Baconových materialistických názoroch na prírodu a možno v nej nájsť dôkazy i o tom, akú úlohu pripisovala vede vtedajšia buržoázia, ktorá jej poznatky v úsilí o rozvoj priemyslu a obchodu využívala na čo najväčší zisk a vykorisťovanie pracujúcich. Práve v Atlantíde sa Bacon pokúsil zobraziť svoje predstavy o ideálnej vedeckej činnosti. Svojím dielom pomohol zlomiť duchovnú diktatúru cirkvi v oblasti vedy. Diderot o ňom napísal: “Tento neobyčajný génius nemohúci písať dejiny toho, čo ľudia vedeli, napísal dejiny toho, čomu je treba sa naučiť.“
Príbeh je utopickým rozprávaním o neznámej ostrovnej ríši Bensalem, ktorej obyvatelia majú vyspelú vedu, sú schopní poznávať prírodu a pomocou vedy sa snažia stať sa jej pánom. Baconov ideál vedeckého poznania prírody je hlavnou myšlienkou jeho Novej Atlantídy. V rozhovoroch členov zablúdenej lode s úradníkom, kupcom a vedcom popisuje autor históriu neznámej zeme, niektoré zvyky a organizáciu vedy. V prvej časti knihy je vylíčená beznádejná situácia posádky na šírom mori, ktorej počas plavby po Južnom mori smerom do Číny a Japonska došli zásoby. Uprostred vodnej pustatiny, keď sa začali námorníci pripravovať na smrť, obracali sa na Boha a prosili ho, aby ich zachránil. Ďalší deň sa im zazdalo, že zazreli zem, a tak sa plavili tým smerom. A naozaj, zakrátko vplávali do prístavu, pri ktorom ležalo neveľké, výstavné mesto, o ktorom sa dozvedeli, že sa volá Bensalem.
Z mesta za nimi priplávala skupina mužov, ktorí im oznámili, že nik z nich nesmie vstupovať na pevninu a odovzdali im pergamen s pravidlami, na ktorom bola zavesená pečať s obrazom kríža a anjelských krídiel- tento fakt námorníkov upokojil. (Tieto ústupky teológii, vyzdviho-vanie zázrakov a významná úloha náboženstva v živote obyvateľov Bensalemu treba chápať ako znamenie doby, v ktorej autor dielo písal.