Tento zmätok taktiež mnohokrát zabraňoval ich zdravému úsudku a nedokázali alebo aj nechceli uveriť veciam, ktoré mali priamo pred nosom cit.č.54 „ Neviem, neverím, že by ma mala rada. Ale prečo mala oheň v očiach, prečo? Nemôže to byť pravda, musel som sa mýliť.“
Ďalší problém, ktorý by som chcela načrtnúť je „človek verzus príroda“. V tomto prípade zohrávala príroda v živote každého brata veľkú úlohu, no hlavne v živote bratov Jána a Arneho. Príroda bola nimi a oni boli prírodou. Práve tá bola ich najvernejšou priateľkou a jej sa vždy mohli zveriť do opatery, keď už nevládali žiť v tom hektickom svete. Ján si zvolil práve prírodu za svoj budúci domov, lebo len tá mu mohla ponúknuť pokoj pre jeho dušu cit.č.55 „Teraz bol už iným človekom. Oh, on mal túhy a radosti, tie dosiahli až horizont, ale boli inakšie než bratove.“ Arne zase prírodu považoval sa najlepšiu priateľku. To ona mu vždy prezradila, že niekto príde, alebo že sa niečo stane a ona bola tou, ktorá počúvala jeho ubolené srdce cit.č.56 „ Breza bola jeho najlepšou priateľkou, našiel ju vždy, keď ho niečo bolelo, keď bol zúfalý. Breza bola jeho zosobneným žiaľom.“
Príroda však zároveň bratov aj oddeľovala od spoločnosti a stále viac a viac ľudí ich považovali za čudákov cit. č.57 „Ján Jurga bol chorý. Prepukol v ňom primitivizmus. Bola to podivná choroba, ktovie, či ju lekári poznajú. Ján Jurga ju však mal, o tom bol presvedčený neskôr sám. Lebo ako môže zdravý človek hladkať strom a hovoriť mu : „Si krásny, si krásny!“ cit.č.58 „Bola tam jedna breza, tá bola jeho dobrou priateľkou. Šiel k nej a objal ju, breza bola príliš biela, slzil znova, keď hľadel na ňu. Áno, slzil len preto, lebo breza bola príliš biela.“
Autor sa tu zamýšľa aj nad tým, čo sú to vlastne hranice. Načo nám ľuďom v skutočnosti slúžia, a či by sa nám bez nich nežilo lepšie. Cit.č.59 „Hranice, aké hranice? Nechápeš, že nie sú hranice? Že sú len čiary, ktorými ohraničili finanční desperadovia územia, v ktorých si osobujú právo na vykorisťovanie?“
Ďalším vnútorným problémom tohto diela je túžba po vykonaní niečoho veľkého a zároveň aj pocit bezmocnosti, keď vieme, že to nedokážeme cit. č.60 „A ja som niekedy nešťastný, lebo túžim. Som postavený na ulicu života, chcel by som niečo veľkého vykonať, zastaviť slnce ako Jozue, zvaliť múry Jericha alebo mať Mojžišovu moc. Chcel by som vykonať niečo mimoriadne veľkého, ale nejde to. My terajší ľudia, nemáme k tomu ani sily, ani dosť viery, mnoho rozmýšľame a čím viac rozmýšľame, tým sme nešťastnejší.“
Nemalým problémom v Bratoch Jurgovcoch je aj ich problémové vyjadrenie citov.