Zatemnění zajišťovaly závěsy na všech oknech.V malém neprodyšně uzavřeném světě museli všechno dělat s největší možnou opatrností – to se týkalo také vaření, vynášení odpadků i používání jediné toalety. V pracovní době směli jen šeptat, aby něco nezaslechli skladníci, kteří o uprchlících nad svými hlavami neměli ani tušení. Tajní obyvatelé podkroví mohli chodit pouze bez bot a jen, bylo-li to naprosto nezbytné. Léto 1942 uběhlo ve znamení fádních dnů. V listopadu přišla Miep s tím, že zubař Fritz Pfeffer nutně potřebuje ukrýt. Margot se tedy nastěhovala k rodičům a Anna se o pokojík brzy dělila s novým příchozím. Čtyři spolehliví zaměstnanci přinášeli jídlo i další tehdy vzácné potřeby- mýdlo, zubní pastu nebo aspirin. Nosili také knížky a časopisy, ale především s nimi vstupovalo přátelství.
Jednou se do skladu vloupali zloději, přijela policie a začala dům prohlížet. Osm lidí se krčilo v úkrytu a od hrůzné deportace je dělila jenom knihovna.
Patnáctiletého Petra van Pelse Anna zpočátku zavrhla jako příliš plachého a neohrabaného chlapce, jehož společnost za moc stát nebude. Ale na jaře 1944 se do sebe zamilovali. Často se setkávali na půdě a z okna se dívali na modrou oblohu.
Anna hodně četla a snila o tom, že na základě svého deníku napíše knihu nazvanou Zadní trakt. Věděla, že umí psát a chtěla se stát novinářkou. Přála si, aby žila i po své smrti.
Bylo až s podivem, jak pozitivně dokázala myslet. Že ani za dva roky strávené v abnormálních podmínkách, se nenechala zlomit a věřila ve šťastný konec.
Čtvrtého srpna 1944 měli za sebou Frankovi 761 dní úkrytu. Okolo půl jedenácté přirazilo k Prinsengrachtu 263 auto a do domu vběhlo několik policistů v civilu pod vedením muže v německé uniformě. Namířenými hlavněmi přiměli Viktora Kuglera, aby je zavedl k otáčivé knihovně,a přinutili ho, aby ji odsunul. Za několik okamžiků byli Frankovi, van Pelsovi a dr. Pfeffer zatčeni. Přijelo kryté nákladní auto a odvezlo osm Židů, Viktora Kuglera a Johannese Kleimana pryč. Obě sekretářky počkaly do pozdního odpoledne a pak vystoupaly po schodech do skrýše. Byla v hrozném nepořádku, jak nacisté hledali nějaké cennosti. Miep začala z podlahy sbírat papíry a brzy našla něco, co převyšovalo hodnotou šperky i odnesené peníze – Annin deník.
O měsíc později naložili osm uprchlíků z Prinsengrachtu do posledního vlaku, který odvážel vězně z Nizozemska do Osvětimi. Muži a ženy odjížděli odděleně a víckrát se už nesetkali.
Annu a Margot odvezli do Bergen-Belsenu ve středu Německa, kde obě, podobně jako desítky tisíc dalších obětí, zemřely na tyfus. Anna o nemocnou sestru pečovala až do konce a zemřela krátce po ní v březnu 1945.