Štúr sa počas dvojročného štúdia obšírnejšie oboznámil s Heglovou a s Herderovou filozofiou, ktorého koncepcia dejín ho sprevádzala v celom jeho filozoficko-historickom svetonázore a v ktorej sa utvrdil v presvedčení o dôležitosti úlohy Slovanov v budúcnosti. Dejiny chápal v ich zákonitostiach, ako sled dejov, nasledujúcich duchovný princíp. Po absolvovaní univerzitného štúdia sa v roku 1840 cestou do Uhorska stretol v Prahe a v Hradci Králové s mnohými českými národovcami a navštívil aj P. J. Šafárika, pôsobiaceho v Čechách. Ten mu priblížil zostrenú politickú situáciu, ktorá v krajine panovala.

Návrat do vlasti znamenal teda pre Štúra začiatok nového boja o udržanie národných práv. Radikálne zákroky uhorských úradníkov a policajtov boli namierené proti akejkoľvek snahe o pozdvihnutie úrovne nemaďarských národov. Situáciu sťažovalo aj zvolenie grófa Karola Zaya za generálneho inšpektora evanjelickej cirkvi a. v., ktorý podporoval myšlienku jediného a jednotného národa v Uhorsku - maďarského národa. Zay Štúra osobne poznal a spočiatku prejavoval voči nemu sympatie, pretože obdivoval jeho húževnatosť, bystrosť a nadanie. Opakovane neúspešne písomne i ústne prehováral Štúra, aby sa zaradil do služieb maďarizmu, pretože podľa Zaya, maďarský národ má pred sebou veľkú budúcnosť a je úlohou všetkých Uhrov mu k nej napomáhať. Ľudevítovi sľuboval veľkolepú a výnosnú kariéru.

Pri návrate do Uhorska pomýšľal Štúr získať stále miesto námestníka, alebo titul adjunkta profesora Palkoviča na Katedre reči a literatúry česko-slovenskej. Nenárokoval si nijaký plat, iba úroky z nazbieraných peňazí na katedru, o ktoré sa mal ešte na polovicu deliť s prof. Palkovičom. Jeho žiadosť však narážala na prekážky, pretože Zay so svojimi prívržencami kalkulovali so zámerom, že po Palkovičovej smrti katedru definitívne zrušia. Vec sa dostala na zasadanie konventov a po dlhých prieťahoch začal Štúr ako suplent prof. Palkoviča prednášať.

Nepoľavujúci tlak na Slovákov zo strany maďarských predstaviteľov prinútil Štúra a slovenských národovcov žiadať ochranu u panovníka. V roku 1842 bola vyslaná do Viedne štvorčlenná deputácia so Slovenským prestolným prosbopisom. V Prosbopise, ktorý bol Štúrovým dielom, prosili Slováci panovníka o ochranu pred perzekúciou, o možnosť uverejňovať obranné spisy slovenského národa, potvrdiť Katedru reči a literatúry česko-slovenskej na ev. lýceu v Bratislave a zriadiť podobné ustanovizne aj na iných lýceách v Uhorsku a pod.