Napriek perzekúcii, podarilo sa Ľudevítovi zúčastniť sa v Prahe Slovanského zjazdu, na ktorom sa zišli hlavní predstavitelia slovanských národov, žijúcich v monarchii. Zástupcovia Slovanov sa snažili nájsť východisko zo zložitej situácie. Po stroskotaní všetkých zákonných aktivít vymôcť si národné práva od maďarskej vlády, boli Štúr s Hurbanom odhodlaní na boj. 15. - 16. septembra bola vo Viedni utvorená Slovenská národná rada, ktorá sa vyhlásila za jediného vykonávateľa moci na Slovensku a odmietla poslušnosť maďarskej vláde. Jej členmi boli Ľudevít Štúr, Jozef Miloslav Hurban a Michal Miloslav Hodža. SNR vyzvala v septembri 1848 slovenský ľud do ozbrojeného povstania za vydobytie si svojich národných práv.

Po neúspechu výpravy v roku 1849 a po opätovnom sklamaní cisárskeho dvora, ktorý Slovákom sľuboval podporu za boj proti maďarským radikálom, sa Ľudevít ocitá vo veľmi nepriaznivej situácii. Žiadosť o povolenie vydávať slovenské politické noviny (Slovenskje národňje novini zanikli v revolučných dňoch) a pokus získať oficiálne povolenie Tatrína, neboli odobrené. Štúr v tomto období nadviazal na svoju činnosť z predošlých rokov a venoval sa slovanskej ľudovej tvorbe a začal pracovať na spise Slovanstvo a svet budúcnosti. Rok 1851 otvára sériu veľkých bôľov Ľudevíta, pretože v januári mu zomiera brat Karol (kňaz a učiteľ v Modre) a o pol roka neskôr jeho otec. Ľudevít sa po smrti svojho staršieho brata presťahoval do Modry, aby sa - sám pod policajným dozorom, postaral o sedem detí zosnulého brata. Naďalej tvorí, píše, hoci jeho život znepríjemňuje a sťažuje polícia. V roku 1853 zomrela vo Viedni jeho duchovná priateľka Adela Ostrolúcka a v Trenčíne jeho matka. V týchto čiernych rokoch sa končí aj Štúrova životná púť. Na poľovačke v decembri 1855 sa pri pokuse o preskočenie potoka neďaleko Modry nešťastne postrelil. Zomrel 12. januára 1856 v Modre ako štyridsaťročný.