V Moskve žije Jurij u svojho vzdialeného príbuzného, univerzitného profesora Alexandra Alexandroviča Gromeka. Zoznámi sa s jeho dcérou Toňou a Gordonom, ktorý je jeho spolužiakom na gymnáziu. Do mesta prichádza aj vdova Amália Guichardová s deťmi Roďou a Larisou (Larou). Stará sa o nich Komarovskij, ktorý bol priateľom jej nebohého muža. Ten Laru zvedie a ona ho znenávidí. Jedného dňa sa Amália pokúsi o samovraždu. Lekár bol v tom čase práve na oslave u Gromekovcov. Akonáhle sa dozvie správu o otrave, odchádza k pacientke. Zo zvedavosti s ním idú aj Jurij a Michail. V hoteli Jurij po prvýkrát zbadá Laru, no neprehovorí s ňou. Larisa sa zoznámi s Innokentijom a Pavlom Antipovom, ktorého otca zatkli za prípravu železničiarskeho štrajku, a preto býva v rodine Tiverzinovcov. Aby ušla Komarovského vplyvu, zamestná sa u Kologrivovcov ako vychovávateľka. Zo svojho platu sa stará aj o Pavla a platí mu štúdium. O niekoľko rokov neskôr sa Lara rozhodne pomstiť stratu svojej cti. Na plese u Sventickovcov sa pokúsi Komarovského zastreliť, no netrafí ho. Na bále bol aj Jurij a Toňa, ktorých zastihne správa o smrti Toninej matky. Na jej želanie sa vezmú. Larisu nakoniec neodsúdia. Po pokuse o vraždu takmer zošalie a odmieta Pavla, ktorý je do nej zaľúbený. Nakoniec sa však zaňho vydá a spolu sa odsťahujú do Juratina. Dej pokračuje počas Prvej Svetovej vojny. Krátko potom, ako sa Jurijovi narodí syn Alexander, odvelia ho ako vojenského lekára na front. Medzitým v Juratine narukuje ako dobrovoľník aj Pavel, lebo si myslí, že Lara ho už nemiluje. Po niekoľkých týždňoch od neho prestanú chodiť listy. Larisa odchádza do Moskvy, kde zverí dcéru Jekaterinu známej, a aj ona odchádza na front ako zdravotná sestra. Počas bojov sa Živago stretne s Gordonom a spolu sa stanú svedkami utrpenia ruských vojakov. Raz v noci Jurija zrania. Lieči sa v nemocnici v Meľuzejeve, kde sa opäť stretne s Larou, ktorá sa medzitým dozvedela o Pavlovej údajnej smrti. Zoznámia sa a neskôr sa zblížia. Larisa sa potom vracia domov a doktor tiež.

Opäť sa stretne so svojou rodinou a začína pracovať v nemocnici. Prichádza však zima a Živagovci nemajú dosť zásob a dreva na kúrenie. V októbri vypukne boľševická revolúcia a občianska vojna, ktorú doktor odmieta, no nemôže sa proti nej nijako brániť. Navyše ochorie na týfus. Medzitým sa nečakane objaví jeho nevlastný brat Jevgraf, ktorý Toni poradí, aby sa odsťahovala s rodinou do Varykina, kde mal jej starý otec kedysi veľký podnik. Živagovci sa vydávajú na strastiplnú cestu na východ. Jedného dňa Jurija zadržia boľševici. Predvedú ho pred veliteľa Streľnikova, ktorý vedie trestné výpravy proti monarchistom a je známy svojou krutosťou. Ten však doktora prepustí. Na konci cesty sa Živago zoznámi so Samdeviatovom, ktorý neskôr rodine pomáha prežiť. Ubytujú sa na statku, ktorý spravuje Averkij Mikulicyn. Jeho syn Liverij utiekol do hôr a velí partizánskemu vojsku, ktoré bojuje na strane sovietov. Živagovci pracujú ako roľníci a Jurij popri tom píše básne. Raz v juratinskej knižnici zbadá Laru. Zistí si jej adresu a navštívi ju. Od nej sa dozvie, že Streľnikov je vlastne jej muž Pavel Antipov. Až teraz si uvedomí, že ju ľúbi. Trpí však pocitom viny kvôli Toni a chce jej všetko povedať. Cestou do Varykina ho však zadržia Liverijovi vojaci a odvlečú ho na Sibír. V partizánskom tábore je doktor svedkom zverstiev páchaných na strane bielych aj červených vojsk. Na Liverija sa skupina nespokojných partizánov pokúsi spáchať atentát, no vinníci sú včas odhalení a kruto potrestaní. Živago strávi v tábore jeden a pol roka. Jedného dňa počas zimy utečie. Na lyžiach prejde Sibír a dostane sa do Juratina, ktorého sa po krátkej vláde bielych opäť zmocnili sovieti. Znovu sa stretáva s Larou, sktorou strávi jar a leto. Z rozhovorov sa dozvie o jej vzťahu ku Komarovskému a prezradí jej, že samovrah z vlaku bol jeho otec. Komarovskij ho zruinoval, a preto sa zabil. Neskôr dostane list od Toni, v ktorom mu oznamuje, že rodinu vypovedali do cudziny. Na začiatku zimy sa objaví Komarovskij. Varuje Jurija pred nebezpečenstvom zatknutia a odvlečenia, a ponúkne jemu a Lare, aby sním odišli do Vladivostoku. Oni však odmietnu a radšej odchádzajú do Varykina. Tam strávia pár šťastných dní, až kým opäť nepríde Komarovskij, ktorý povie Živagovi o údajnej Streľnikovovej poprave. Jurij teda nahovorí Laru, aby išla. Oklame ju a sľúbi jej, že čoskoro pôjde za ňou, hoci vie, že svoj sľub nesplní. Na druhý deň prichádza Streľnikov, ktorý sa skrýva pred zatykačom vydaným na základe falošného udania. Zostane v dome jednu noc.

Ráno ho Živago nájde zastreleného v záveji. V závere sa Jurij vracia do Moskvy. Istý čas píše básne a úvahy, a tým sa živí. Markel, správca domu v ktorom doktor býval pred vojnou, mu zoženie ubytovanie. Jeho dcéra Marina sa do Jurija zamiluje a nasťahuje sa k nemu. Narodia sa im dve dcéry. Jedného dňa, cestou do práce, Jurij v preplnenej električke dostane infarkt a zomrie. Na jeho pohreb príde aj Lara. Do Moskvy prišla hľadať jedno bezprízorné dieťa a náhodou zašla do bytu, v ktorom býval Živago. Bol to totiž ten istý byt, v ktorom kedysi žil jej muž Pavel. O niekoľko dní bez stopy zmizne. Zrejme ju zatkli a poslali do pracovného tábora na Sibíri. V epilógu sa počas Druhej Svetovej Vojny Dudorov stretáva s Gordonom, ktorého prepustili z gulagu. V zničenom meste Karačeve natrafia na skladníčku Toňu, ktorá im rozpráva o svojom detstve počas ktorého bola bezprízorná. Z jej príbehu vysvitne, že je dcérou Jurija Živaga a Larisy Antipovovej.