Opäť sa stretne so svojou rodinou a začína pracovať v nemocnici. Prichádza však zima a Živagovci nemajú dosť zásob a dreva na kúrenie. V októbri vypukne boľševická revolúcia a občianska vojna, ktorú doktor odmieta, no nemôže sa proti nej nijako brániť. Navyše ochorie na týfus. Medzitým sa nečakane objaví jeho nevlastný brat Jevgraf, ktorý Toni poradí, aby sa odsťahovala s rodinou do Varykina, kde mal jej starý otec kedysi veľký podnik. Živagovci sa vydávajú na strastiplnú cestu na východ. Jedného dňa Jurija zadržia boľševici. Predvedú ho pred veliteľa Streľnikova, ktorý vedie trestné výpravy proti monarchistom a je známy svojou krutosťou. Ten však doktora prepustí. Na konci cesty sa Živago zoznámi so Samdeviatovom, ktorý neskôr rodine pomáha prežiť. Ubytujú sa na statku, ktorý spravuje Averkij Mikulicyn. Jeho syn Liverij utiekol do hôr a velí partizánskemu vojsku, ktoré bojuje na strane sovietov. Živagovci pracujú ako roľníci a Jurij popri tom píše básne. Raz juratinskej knižnici zbadá Laru. Zistí si jej adresu a navštívi ju. Od nej sa dozvie, že Streľnikov je vlastne jej muž Pavel Antipov. Až teraz si uvedomí, že ju ľúbi. Trpí však pocitom viny kvôli Toni a chce jej všetko povedať. Cestou do Varykina ho však zadržia Liverijovi vojaci a odvlečú ho na Sibír. V partizánskom tábore je doktor svedkom zverstiev páchaných na strane bielych aj červených vojsk. Na Liverija sa skupina nespokojných partizánov pokúsi spáchať atentát, no vinníci sú včas odhalení a kruto potrestaní. Živago strávi v tábore jeden a pol roka. Jedného dňa počas zimy utečie. Na lyžiach prejde Sibír a dostane sa do Juratina, ktorého sa po krátkej vláde bielych opäť zmocnili sovieti. Znovu sa stretáva s Larou, sktorou strávi jar a leto. Z rozhovorov sa dozvie o jej vzťahu ku Komarovskému a prezradí jej, že samovrah z vlaku bol jeho otec. Komarovskij ho zruinoval, a preto sa zabil. Neskôr dostane list od Toni, v ktorom mu oznamuje, že rodinu vypovedali do cudziny. Na začiatku zimy sa objaví Komarovskij. Varuje Jurija pred nebezpečenstvom zatknutia a odvlečenia, a ponúkne jemu a Lare, aby sním odišli do Vladivostoku. Oni však odmietnu a radšej odchádzajú do Varykina. Tam strávia pár šťastných dní, až kým opäť nepríde Komarovskij, ktorý povie Živagovi o údajnej Streľnikovovej poprave. Jurij teda nahovorí Laru, aby išla. Oklame ju a sľúbi jej, že čoskoro pôjde za ňou, hoci vie, že svoj sľub nesplní. Na druhý deň prichádza Streľnikov, ktorý sa skrýva pred zatykačom vydaným na základe falošného udania. Zostane v dome jednu noc.