Román sa začína pohrebom matky desaťročného Jurija Živaga. Po jej smrti odchádza spolu so strýkom Nikolajom Nikolajevičom do Moskvy. Cestou sa zastavia v Dupľanke, kde žije Jurijov kamarát Innokentij Dudorov. Ten ho však nenávidí a stretnutiu sa vyhýba. Neďaleko tohto panstva vyskočí z vlaku neznámy človek. Samovraha na ceste sprevádzal právnik Komarovskij. Svedkom nehody je aj malý Michail Gordon.
V Moskve žije Jurij u svojho vzdialeného príbuzného, univerzitného profesora Alexandra Alexandroviča Gromeka. Zoznámi sa s jeho dcérou Toňou a Gordonom, ktorý je jeho spolužiakom na gymnáziu. Do mesta prichádza aj vdova Amália Guichardová s deťmi Roďou a Larisou (Larou). Stará sa o nich Komarovskij, ktorý bol priateľom jej nebohého muža. Ten Laru zvedie a ona ho znenávidí. Jedného dňa sa Amália pokúsi o samovraždu. Lekár bol v tom čase práve na oslave u Gromekovcov. Akonáhle sa dozvie správu o otrave, odchádza k pacientke. Zo zvedavosti s ním idú aj Jurij a Michail. V hoteli Jurij po prvýkrát zbadá Laru, no neprehovorí s ňou. Larisa sa zoznámi s Innokentijom a Pavlom Antipovom, ktorého otca zatkli za prípravu železničiarskeho štrajku, a preto býva v rodine Tiverzinovcov. Aby ušla Komarovského vplyvu, zamestná sa u Kologrivovcov ako vychovávateľka. Zo svojho platu sa stará aj o Pavla a platí mu štúdium. O niekoľko rokov neskôr sa Lara rozhodne pomstiť stratu svojej cti. Na plese u Sventickovcov sa pokúsi Komarovského zastreliť, no netrafí ho. Na bále bol aj Jurij a Toňa, ktorých zastihne správa o smrti Toninej matky. Na jej želanie sa vezmú. Larisu nakoniec neodsúdia. Po pokuse o vraždu takmer zošalie a odmieta Pavla, ktorý je do nej zaľúbený. Nakoniec sa však zaňho vydá a spolu sa odsťahujú do Juratina. Dej pokračuje počas Prvej Svetovej vojny. Krátko potom, ako sa Jurijovi narodí syn Alexander, odvelia ho ako vojenského lekára na front. Medzitým v Juratine narukuje ako dobrovoľník aj Pavel, lebo si myslí, že Lara ho už nemiluje. Po niekoľkých týždňoch od neho prestanú chodiť listy. Larisa odchádza do Moskvy, kde zverí dcéru Jekaterinu známej, a aj ona odchádza na front ako zdravotná sestra. Počas bojov sa Živago stretne s Gordonom a spolu sa stanú svedkami utrpenia ruských vojakov. Raz v noci Jurija zrania. Lieči sa v nemocnici v Meľuzejeve, kde sa opäť stretne s Larou, ktorá sa medzitým dozvedela o Pavlovej údajnej smrti. Zoznámia sa a neskôr sa zblížia. Larisa sa potom vracia domov a doktor tiež.