Neskôr sa stal z neho priemerný študent na rouenskom Collége royal. Pod vplyvom svojho profesora dejepisu Adolpha Chérnela si zapisuje do zošitov svoje prvé romanticko-historické poviedky ( Smrť vojvodu de Guise, Normandská kronika z 10. storočia, Tajomstvo Filipa Opatrného, Španielsky kráľ, Mor vo Florencii a iné). Mladý gymnazista je prirodzene celým srdcom romantik. Strhne ho provokačný charakter romantizmu a s mladou generáciou sníva o výnimočnom osude vzbúrencov, dobrodruhov, vyvrheľov či prekliatcov. Nesúlad medzi ideálom a realitou je priepastný a stáva sa napokon základným fondom romantizmu. Tu kdesi sa rodí Flaubertov odpor k meštiakovi, ktorý je motivovaný romantickou výnimočnosťou umelca zoči-voči „prízemnému davu“. Únikom zo skutočnosti sa mu stáva literatúra. V príbehoch o Garconovi – fiktívnej postave stelesňujúcej „všeobecnú hlúposť“, ktorej nositeľom bol meštiak, sa búril proti všetkému, čo odsudzoval (obmedzenosť, pokrytectvo, demagógiu, falošný liberalizmus, sústredenosť na hmotné statky a pod....)

Na rozdiel od romantikov však neuniká z reality, hľadajúc vysnený Ideál mimo nej, ale je ňou naopak mocne priťahovaný. Je rodeným pozorovateľom. Tu kdesi sa formuje realistická línia jeho románovej tvorby. Vo svojich poviedkach(Zúrivosť a bezmocnosť, Tanec umelcov, Opojenie a smrť, Pohreb dr. Maturina a iné...) prekonáva aj tzv. čiernych romantikov. Ako však ukazujú novielky Quiquid Volueris a Vášeň a cnosť, do romantickej podoby príbehu čoraz väčšmi preniká jeho psychoanalytická schopnosť, ktorá spevňuje zvyčajne krehkú stavbu jeho romanticko-motivickej štruktúry. Dospievajúci chlapec spoznáva sám seba, v romantickej antitéze sa vidí vo svete, ktorý ho obklopuje a spolu s Goetheho Wertherom sa stáva obeťou ťažkej melanchólie, v ktorej dominuje bezútešnosť života, myšlienka na smrť a ničota. Zápisky Agónia, skeptické myšlienky sú výpoveďou predčasne vyzretého šestnásťročného dieťaťa, kladúceho si pochmúrne metafyzické otázky. V dvoch výrazných novelách Flaubertoveho raného romantického obdobia Bláznove pamäti a November sa má vyjaviť celá duša. Sú inšpirované konkrétnymi zážitkami. V Bláznových pamätiach opisuje Flaubert letné prázdniny roku 1836. Strávil ich s rodičmi pri mori, v neďalekom Trouvile. Gustave mal štrnásť a pol roka. Na pláži spoznal Elise Foucaltovú, dvadsaťšesťročnú čiernovlásku, manželku parížskeho vydavateľa hudobnín Schlésingera. Zo sporadických stretnutí, umocňovaných mladíckou imagináciou a snom, sa zrodí Flaubertova osudová láska, ktorá ho neopustí po celý život, hoci nikdy nenájde naplnenie.

Prózu November písal počas svojich štúdii práva v Paríži. Svoje osobné skúsenosti – spoznanie telesnej a predajnej lásky, zobrazil naozaj reálne. V tomto období prežíval mladý Flaubert prvú výraznú krízu. Otec sa ho snažil nasmerovať na štúdium farmácie. Flaubertovi sa všetky cesty života zdali „rovnako zaprášené a neplodné“.
V januári 1844 dostáva Flaubert nečakane nervový záchvat. Prvý z príznakov jeho neskoršie určenej diagnózy: epilepsie Jeho otec sa zmieruje so situáciou a dáva synovi absolútnu voľnosť. Zdravotný šok zapôsobil aj na Flaubertovu osobnosť i na charakter jeho diel. Istú dobu pomýšľal dokonca i na samovraždu. V jeho živote nastáva zásadná zmena. Po otcovej smrti sa Flaubert rozchádza so spoločnosťou a utiahne sa na rodičovský majetok v Croisset a zostáva tam prakticky až do konca svojho života. Žije mníšskym životom, v tvorivom osamotení, vyznávajúc len reholu tvrdej práce. Nasleduje Montaigna a utiahne sa do „veže zo slonoviny“, odkiaľ chce z odstupu sledovať „zlý žart života“.

Román Pani Bovaryová napísal po prvých neúspešných verziách románu Citová výchova roku 1856. Stal sa vzorom realistického románu. Kvôli tomuto istému románu bol autor postavený pred súd za urážku verejnej mravnosti a manželskej inštitúcie. O tomto diele sa Flaubert vyjadril: „Pani Bovaryová, to som ja.“ Citová výchova je autobiografický román.
V roku 1862 uzrel svetlo sveta román Salammbô. Romantický námet je založený na námete lásky barbara Matha k Salammbô, dcére kartáginskeho vojvodcu Hamilcara. Flaubert bol presvedčený, že krásny námet mu umožní vytvoriť aj krásny román.

Na sklonku života, v desaťročí 1870-80 sa Flaubertova aktivita zvýraznila. Vznikali prózy, do ktorých patria napr. Tri poviedky, Legenda o sv. Juliánovi Pohostinnom, próza Hérodias a dobový príbeh o prostej slúžke Félicité Prosté srdce. Dominantnými dielami tohto obdobia sú prózy Pokušenie sv. Antona a Bouvard a Pécuchet. Próza Bouvard a Pécuchet ostala nedokončená. Autor si v nej chcel „vyliať žlč“. Je to pozitivistický a objektivistický obraz aktivity dvoch pisárov, ktorí zdedili majetok a venujú sa postupne jednotlivým oblastiam ľudskej činnosti a poznania. Kniha nám pripomína skôr akúsi encyklopédiu poznania. Text sa stáva zápisom – protokolom o vykonanom experimente. Ide vlastne o defilé vedy pred očami dvoch hlupákov. V Pokušení sv. Antona išlo o defilé pokušení pred očami svätca. Román sa vytratil, vznikla encyklopédia – encyklopédia meštiackej hlúposti.
V máji 1880, v Croisset, Flaubert zomiera.

Obsah diela
Dej sa odohráva v polovici 19. storočia v mestách Tostes a Yonvill´l Abbaye. Je rozdelený na tri časti.
Prvá časť: Všetko začína v škole, kde sa z mladého dedinského chlapca Charlesa Bovaryho stáva budúci lekár. Darí sa mu hlavne vďaka snahe jeho matky, lebo otec nepovažuje vzdelanie za dôležité. Ani so svojím majetkom nevie dobre hospodáriť. Záverečnú skúšku urobí Charles až na druhý pokus, lebo prvýkrát skúšal ako chutí slobodný život. V jeho očiach to bol drahocenný akt slobody, cítil sám k sebe väčšiu úctu. Matka mu zatiaľ zaistila prax v Tostes, čo sa jej zdalo ako veľmi výhodné miesto. Krátko nato mu začala zháňať aj ženu. Našla ju. Bola to vdova po exekútorovi z Dieppe; „mala štyridsaťpäť rokov a tisíc dvesto libier renty“(1). Často mu vravievala, že na ňu zabúda a ľúbi inú. Jednu noc musel náhle Charles odísť do Bertaux. Pán Rouault, jeden z najzámožnejších sedliakov si zlomil nohu. Dlhú dobu Charles ešte chodil na návštevy do Bertaux, ale nie tak kvôli zlomenine, ako kvôli Roualtovej dcére Emme. Héloise Dubucovej sa spočiatku páčilo, že sa manželovi tak darí, ale neskôr vypátrala, že Rouault má dcéru. Slečna Rouaultová bola vychovaná v kláštore. V idylickom prostredí s ostatnými chovanicami čítala romány nechávala sa unášať snami o láske. Vedela hrať na klavíri, tancovať, vyšívať, kresliť a vyznala sa i v zemepise. Bohužiaľ, od svojho života očakávala príliš mnoho. Pani Dubucová ju inštinktívne znenávidela. Charlesova matka zistila, že majetok vdovy nie je až taký veľký. Krátko na to dostala p. Dubucová záchvat chrlenia krvi a zomrela.

Jeden deň zrána sa dostavil Rouault vyplatiť dlh za liečbu a snažil sa Charlesa utešiť ako len vedel. Medzitým sa Charles stal známym a jeho klientela sa rozrastala. Do Bertaux jazdil takmer každý deň, a keď mu vypršal čas smútku, vzal si Emmu za ženu.
Svadba bola veľká, aj keď nie celkom po chuti nevesty. V novom dome sa Emma podujala zmeniť takmer všetko. Tešila sa na šťastie, ktoré vraj nastáva po svadbe. Snažila sa vypátrať, čo sa vlastne myslí slovami blaženosť, vášeň a opojenie. Nahovárala si, že konečne v sebe poznáva svoju zázračnú vášeň a kľud, v ktorom žije a je tým vysneným šťastím. Od hájnika, ktorého Charles liečil na zápal pľúc dostala fenku malého chrta, Džalí, s ktorou chodieva na prechádzky a vylieva si pri tom srdce. Sama seba sa pýta, na čo sa vlastne vydala. Neskôr boli manželia Bovaryovci pozvaní na ples do Vaubyessardu k markízovi d´Andervilliers. Emma bola okúzlená plesom a všadeprítomným prepychom. Na druhý deň jej ostala už len spomienka na valčík s vikomtom. Začal ju nudiť monotónny život na vidieku a znenávidela vždy pokojného manžela. Túžila po ruchu veľkomesta a Charles jej pripadal úbohý. Stále sa sťažovala na Tostes, až ju Charles vzal k lekárovi, ktorý diagnostikoval nervovú poruchu a odporučil zmenu prostredia. Z veľkého mesta Yonville l´ Abbaye odišiel lekár, takže sa mohli presťahovať. Keď v marci odchádzali z Tostes, Emma bola tehotná.

Druhá časť: Po príchode sa navečerali v hostinci, ktorý patrí pani Lefrançoisovej, kde sa stretnú s lekárnikom Homaisom a stálym hosťom Leónom Dupuisom. Emma si s Leónom zvlášť dobre rozumela. Pacienti neprichádzali, občas len lekárnik Homais prišiel na kus reči, a Charles bol smutný. Náladu mu vedela zlepšiť len myšlienka na dieťa. Emma si priala syna, ale nakoniec porodila dcéru. Dala jej meno Berthe, lebo také začula na markízovom plese. Ešte ani neuplynula šestonedelie a už sa Emma náhlila za dojkou. Cestou stretla Leóna, ktorý ju odprevadil. Večer už o tom vedel celý Yonville. Leónovi pripadali obyvatelia nudní, rozptýlenie nachádzal už len pri Emme. Rozumeli si, často sa rozprávali o hudbe, divadelných hrách a knihách. Vzniklo medzi nimi akési puto, ktorému nežiarlivý Charles nevenoval ani najmenšiu pozornosť. León nemohol nájsť odvahu povedať Emme, ako veľmi ju miluje. Ich rozhovory sa už len vliekli, často mlčali. Emma sa začala poriadne starať o domácnosť, vzala Berthe od dojky, chodila do kostola. Životné podmienky v nej vzbudzovali rozmarné a cudzoložné chúťky. Poburovalo ju, že Charles si to vôbec nevšíma. León sa rozhodol ukončiť štúdium práva a odišiel do Paríža. Nasledujúce dni sa niesli v znamení smútku. Charles si zavolal matku, ktorá navrhla aby zakázal Emme čítať romány. Charles prisľúbil a zrušil predplatné.