Phoebus ho nemohol vidieť. Pred týmto hrozným zjavom ostala ako meravá, nemá ako holubica, ktorá zodvihla hlavu práve vo chvíli keď sa morský orol díva guľatými očami do jej hniezda. Nemohla ani skríknuť. Videla, ako dýka padá na Phoeba a ako sa pariaca zasa dvíha. Lucifer! zvolal kapitán a padol na zem. Zamdlela. ” (II.diel str.77) Esmeralda si myslí, že kapitán je mŕtvy, je obžalovaná z vraždy a čarodejníctva. Mučia ju a ona sa nakoniec prizná k činu, ktorý neurobila. „Pierrat otočil pákou, španielska čižma sa zavrela a nešťastnica vykríkla tak hrozne, že to nijaká ľudská reč nevyjadrí.” „Zastavte, rozkázal kráľovský prokurátor Charmolue Prirratovi. Priznávate sa teda? Opýtal sa cigánky Ku všetkému! kričalo úbohé dievča. Priznávam sa! Priznávam sa! Milosť!” (II.diel str. 93) Je odsúdená na smrť, ale Quasimodo ju zachráni. „A potom, bolo dojemné dívať sa, ako bytosti takej nešťastnej nečakane pomohla bytosť taká znetvorená, ako na smrť odsúdenú zachránil Quasimodo. Stretli sa tu dve najväčšie nešťastia prírody a spoločnosti a navzájom si pomáhali.” (II.diel str.135) Ukryje ju vo zvonici, kde sa o ňu stará s najväčšou láskou. Quasimodo jej pomôže, keď jej chce ublížiť Arcidiakon. Esmeraldu hľadá Gringorie a priatelia z dvora divov. Chystajú útok na chrám. Quasimodo úspešne odoláva obliehaniu. „Nejasne cítil, že sa blíži niečo násilné. V tomto kritickom okamihu sa radil sám so sebou a uvažoval lepšie a rýchlejšie, ako by sme čakali od takého nedokonalého mozgu. Má zobudiť cigánku? Pomôcť jej utiecť? Kadiaľ? ulice boli obsadené. Okolo zadnej steny kostola tiekla rieka. Nebol člnok! Nebolo východu! Zostávalo len dať sa zabiť na prahu chrámu Matky božej, brániť sa aspoň do vtedy, kým nepríde pomoc, ak vôbec nejaká príde a nerušiť Esmeraldin spánok.” (II.diel str.197) Gringorie súhlasí s návrhom Frolla, že pomôže vyviesť Esmeraldu s chrámu. Esmeralda odchádza s Gringoireom a zamaskovaným mužom, v ktorom neskôr spozná kňaza. „Občas nabrala trochu síl a hovorila prerušovaným hlasom, lebo sa potkýnala a o hrboľatú dlažbu a zadychčala sa pri behu. Kto ste? Kto ste? Neodpovedal. Tak došli, stále po nábreží, na dosť veľké námestie. Mesiac ho slabo osvetľoval. Bolo vidieť čierny kríž, šibenicu. To všetko poznala a videla kde je. Muž zastal, obrátil sa k nej a zdvihol kapucňu. Ó, zajachtala skamenená od hrôzy, ja som to vedela že je to zase on!” (II.diel str.262) Esmeralda sa nachádza v cele kajúcnice, chudôbke, ktorá v nej spozná dcéru.