3. Problematika peňazí
Charles nebol veľmi bohatý, ale i tak si Emma kupovala všetko po čom jej srdce túžilo: „Kúpila si gotické kľačadlo, za mesiac minula štrnásť frankov za citróny na čistenie nechtov, objednala si v Rouen šaty z belasého kašmíru...“(85) Vždy bola márnivá, ale nie vždy to prejavila. Keď ju vo Yonville začal navštevovať miestny obchodník Lheureux, zo začiatku kupovala iba veci, ktoré potrebovala. No neskôr začala rozhadzovať. Najmä keď mala milencov. Rodolphovi rada kupovala drahé darčeky a vo vzťahu s Leónom platila všetky účty za ich spoločne strávené chvíle (hotel, večere...). Takto vyciciavala rodinný rozpočet.

Charles musel podpísať prvú zmenku obchodníkovi Lheureuxovi, keď Emma ochorela, pretože jej priniesol účet za cestovné veci. A touto zmenkou sa všetko spustilo. Lheureux nepočítal s tým, že mu Bovary vráti všetko na druhý rok. Práve naopak. Chcel, aby sa mu ešte viac zadĺžili a narastali im úroky. Čakal, že z tohto obchodu zbohatne. Nepokúšal sa jej radiť aby šetrila, ale stále jej podstrkoval nejaký tovar. Keďže Emma žila nákladným životom s Leónom, nemala ako platiť dlhy. Najprv začala predávať svoje veci, potom Charlove dedičstvo a to bez jeho vedomia. Posielala účty pacientom. Nič z toho nepomohlo a nakoniec Emma rieši tento problém tak, že sa zbaví zodpovednosti samovraždou.

4. Morálna problematika
Emma bola zo začiatku morálne čistá. No keď začala svoje milenecké pomery, jej morálka sa začala meniť. Vzťah s Rodolphom ju zmenil v jej správaní. Začala byť zmyselná a morálne skazená žena. Nehanbila sa prechádzať po meste s Rodolphom v nevhodných šatách tak, aby ich všetci videli. Vo vyjadrovaní začínala byť hrubšia. Lož, pretvárka a podvádzanie sa stali každodennou súčasťou jej života. Najprv ju hrýzlo svedomie, no už vo vzťahu s Leónom si prestala všímať svojich klamstiev a začala sa pretvarovať a klamať automaticky: „Lož sa stala jej potrebou, mániou, rozkošou, a tak, ak vravela, že včera šla po pravej strane ulice, znamenalo to, že šla po strane ľavej.“(86) Podvádzala manžela, rozhadzovala jeho peniaze a priviedla ho k bankrotu, no stále myslela len na vlastné šťastie a bolesť.

Konflikty
1.Emma vs. Emmine vnútro alebo realite vs. ideál
Tento konflikt je romantického charakteru. Emma sníva o veľkej láske, o vášnivých zážitkoch a vzrušujúcom živote, no žije v jednoduchom všednom svete, kde nie je nič výnimočné ani nevšedné. Ani partneri, ktorých si vyberá nie sú romantického charakteru, takže ani oni jej nemôžu pomôcť v naplnení jej ideálov. I keď zo začiatku každého vzťahu, alebo významnej udalosti(ples, návrat ku viere) stúpa jej duch smerom k ideálu, pod náporom realistických prvkov padá späť do reality: „Po návšteve vo Vaubyessard akoby sa v jej živote čosi natrhlo, ako keď po búrke zavše za jedinú noc ostane vo vrchoch hlboká trhlina. No zmierila sa s osudom; zbožne zamkla do bielizníka krásne šaty a všetko ostatné..“(87) V každom vzťahu nakoniec nachádza len prázdnotu, ktorú vníma počas celého života. Nič nebolo dosť dobré alebo ideálne na to, aby sa z toho mohla tešiť. Emmin vnútorný konflikt vyúsťuje do samovraždy, pretože nevidí žiadny cieľ v svojom živote, ani východisko z jednotvárnosti tohto vidieckeho života.

2. Emma vs. Charles
Emma s Charlom boli manželia, ale každý z nich mal iný postoj k životu a iný životný cieľ, i keď obidvaja túžili po šťastí. Charles najväčšie šťastie zažíval v manželstve s Emmou. Mal krásnu manželku, malé dieťa, dobrú prácu. Nič mu nechýbalo. Toto mu stačilo k úplnému pocitu uspokojenia. A myslel si , že aj Emma zažíva rovnaké šťastie. No Emmu vnútorne zožierala márnivosť a večná nespokojnosť. Charlom opovrhovala a zdalo sa jej urážkou, že si Charles myslí, že zažíva šťastie. Najväčšie šťastie nachádzala v mimomanželských vzťahoch, ktoré ale nikdy nebolo úplné. Charles bol jednoduchý človek ,v svojej podstate konzervatívec, čo Emme nemohlo stačiť. Túžila po búrlivom živote plnom vzruchu, ktorý jej on nemohol poskytnúť.

3. Emma vs. jej milenci
Emma si svoje mimomanželské vzťahy dosť idealizovala. Vo svojich milencoch nevidela reálne osoby, ale vysnené postavy z románov. Svojmu prvému milencovi, Rodolphovi Boulangerovi, bola naprosto oddaná. Milovala ho otrockou láskou. Pre Rodolpha to bol len ďalší milostný pomer, ktorý mu ale dával viac než tie predošlé. Cítil k Emme veľkú vášeň a vzťah s ňou mu prinášal rozkoš. Mal ju rád, no jeho láska bola povrchná a pokrytecká. Počas ich vzťahu myslel len na seba a vlastné uspokojenie.

Počas vzťahu s Leónom Dupuicom bola už uvolnenejšia a viac si vychutnávala svetskú rozkoš. Po pomere s Rodolphom už bola skúsenejšia a vedela ako to využiť. Mala ho rada, no necítila k nemu takú oddanosť ako k Rodolphovi. On ju sprvu obdivoval a zbožňoval. Emma platila všetky ich spoločné výdavky, čo ho mrzelo, ale veľmi neprotestoval. Jeho láska bola o trochu hlbšia, ako Rodolphova. Keď bol ešte pisárom v Yonville, tak by sa dalo povedať, že až čistá: „Bol to cit z tých čistých citov, ktoré nebránia žiť plným životom, ktoré pestujeme, pretože sú vzácne a ich strata by nás zarmútila väčšmi, ako nás teší to, že ich pociťujeme.“(88) No milenecký pomer ju zničil a Leónova láska k Emme zmizla. Nebola dosť silná nato, aby vydržala: „León nakoniec prisahal, že sa už s Emmou nestretne; a vyčítal si, že nedodržal slovo, keď uvážil, koľko mu tá žena môže spôsobiť trampôt a vyniesť rečí.“(89)

4. Charles vs. Emmini milenci
Charles počas celého manželstva s Emmou netušil, že ho podvádza. No Emma mala dvoch milencov. Prvý z nich, Rodolphe Boulanger, Charlom opovrhoval a neprestajne si z neho uťahoval. Pokladal ho za neschopného zbabelca: „Ach, taký úbožiak!“(90) Emmin druhý milenec, León Dupuice, neopovrhoval Charlom, ani ho nezosmiešňoval. Skôr sa tváril, akoby neexistoval. Po Emminej smrti Charles prišiel na jej neveru. Najskôr ho to veľmi zobralo, zúril. No nakoniec sa so všetkým zmieril a necítil nenávisť ani k Emme ani k jej milencom. Závidel im, že ich Emma milovala a všetku vinu dával sebe.

5. Emma vs. Lheureux
Lheureux bol obchodník a úžerník v Yonville. Bol to bezcharakterný človek, ktorý bažil len za ziskom: „Darmo Charles vravel, že to nepotrebuje, obchodník bezočivo odpovedal, že všetok tovar u neho objednali a že ho nevezme naspäť, ostatne, mohlo by to zdržať uzdravenie milostivej panej; pán si to iste rozmyslí, slovom, bol rozhodnutý radšej ho hnať pred súd, ako sa zrieknuť svojich práv a odniesť si tovar.“(91) Hneď ako spoznal Emmu vedel, že na nej zarobí. Správal sa k nej úctivo a stále jej prinášal viac a viac tovaru. Aj keď už bolo zle a Emma nemala čím platiť on jej stále nanucoval nejaký tovar. Zaprisahal sa jej, že jej prípad nepodstúpi exekútorovi, a že počká so splácaním. Klamal. Tešil sa na zisk a s radosťou jej navršoval účty. Emma nespoznala jeho zámery a myslela si, že je to dobrý človek. Stále mu podpisovala ďalšie a ďalšie zmenky a neuvedomovala si a nerobila si ťažkú hlavu s financiami, až dovtedy, kým k nej neprišiel exekútor. Lheureuxov pravý charakter si začala uvedomovať až keď bolo prineskoro.

6. Emma vs. stará pani Bovaryová
Emma nemala so svojou svokrou veľmi prívetivý vzťah. Charlova matka nemala synovu druhú ženu v láske, pretože sa cítila ohrozená. Vedela, že Charles má radšej Emmu, ako ju. Bola dosť majetnícka a nezniesla ak jej syn mal niekoho radšej ako ju: „Za čias pani Dubucovej stará pani cítila, že ju má Charles radšej než svoju ženu, ale teraz sa jej Charlova láska k Emme zdala zradou na jej nehe, akoby jej vzali niečo, čo jej patrilo.“(92) Najmä z tohto dôvodu panovala medzi nimi nevraživosť. Pani Bovaryová sa stále snažila radiť a zasahovať do chodu domácnosti a nič, čo Emma urobila nebolo dobré. A Emma sa k nej správala pohŕdavo. Ignorovala jej rady a nepočúvala ju. Charles sa nikdy nevedel rozhodnúť, na ktorú stranu sa prikloniť. Iba raz sa rozhodol podporiť Emmu a od tej doby sa k nemu matka správala urazene.

7. Charles vs. matka
Matka už odmala dusila Charla láskou a upäla sa naňho. Bol jej všetkým, mala len jeho. Najradšej by mu riadila život. Charles sa nikdy s matkou nehádal a vo všetkom ju poslúchal, pretože ju priveľmi miloval a ctil si ju. Nezasahoval ani do jej hádok s Emmou, pretože nevedel, na ktorú stranu sa prikloniť.
Iba dvakrát sa jej vzoprel. Prvý raz keď sa zastal Emmy kvôli výdavkom v domácnosti: „Ty si tiež taká! Robíš jej scény!“(93, Charles matke)Druhý krát, keď jej odmietol dať po Emminej smrti svoju dcéru. Urazila sa, že ju neposlúchol v tom, čo by bolo podľa nej najlepšie a viac sa s ním nerozprávala.
8. Homais vs Bournisien alebo osvietenstvo vs cirkev

Homais, lekárnik v Yonville, neuznával cirkev a nesmierne ňou pohŕdal. Vyhlasoval o sebe, že je stúpenec osvieteneckých myšlienok: „Mojím bohom je boh Sokratov, Franklinov, Voltairov a Bérangerov! Som za ´Vyznanie viery savojského vikára´ a nesmrteľné zásady roku osemdesiateho deviateho.“(94) Oproti tomu Bournisien, Yonvillský kňaz, zastával názory neomylnej cirkvi a neuznával svetský pokrok: „Boh je taký veľký, taký dobrý; treba sa bez reptania podrobiť jeho rozhodnutiam, ba mu za ne ďakovať.“(95) Keď sa títo dvaja ľudia stretli, vždy z toho vznikla ostrá polemika. Autor sa neprikláňa ani k jednému názoru. Na týchto postavách zosmiešňuje neustály boj o moc medzi cirkvou a meštiakmi/osvietencami.