Takéto cesty vykonalo od roku 1838 niekoľko bratislavských študentov.
V septembri 1838 odišiel na dvojročné štúdium do Halle, zastaviac sa na dlhší čas v Prahe u P.J.Šafárika, ktorý mu radil, aby sa v Halle venoval predovšetkým štúdiu jazykovedy, histórie a politiky, a zároveň mu dal odporúčanie k vynikajúcemu jazykovedcovi Augustovi Fridrichovi Pottovi a poveril ho aj istými odbornými úlohami. Štúr využil pobyt v Halle popri usilovnom štúdiu i na rozširovanie poznatkov o slovanskom svete. Zoznámil sa s Rusom I.I.Sreznevským a na jar 1839 sa vybral na cestu po území Lužických Srbov, nadväzujúc s ich predstaviteľmi priateľské styky. Podľa jeho rád si lužickosrbskí študenti zreorganizovali spoločnosť v Budyšíne, pričom im pomohol rozvinúť styky s inými Slovanmi a zveľadiť Slovanskú knižnicu.
Na ceste z Nemecka sa Štúr znova zastavil v Prahe. V kruhu českých vlastencov sa zrodila myšlienka, že obsadí bratislavskú katedru ako riadny profesor, bude si vymáhať povolenie na politické noviny a vynasnaží sa dostať ako poslanec do uhorského snemu, v čom sa mu z českej strany prisľúbila všestranná pomoc. Z Prahy odcestoval ešte do Hradca Králové, kde sa s tlačiarom a nakladateľom Janom Hostivítom Pospíšilom radil o zriadení vydavateľstva na Slovensku. Po návrate do Bratislavy ho čakali boje s grófom K. Zayom najmä v súvislosti s bratislavskou katedrou. Zay ako generálny inšpektor ev. cirkví a škôl v Uhorsku hneď v nástupnej reči (v septembri 1840) oznámil svoj plán na úplné pomaďarčenie Uhorka prostredníctvom cirkví, Štúra vyhlásil za známeho pansláva a bratislavskú katedru za parenisko panslavizmu. Štúr síce rozvinul široké obranné akcie pomocou politických článkov a brožúr i v rámci Slovenského prestolného prosbopisu (jún 1842), ale všetko začalo bez výsledku. Bratislavský cirkevný konvent mu pod Zayovým vplyvom zakázal v októbri 1843 prednášať na katedre a 31.decembra ho zbavili aj námestníckej funkcie. Štúrovi oddaná mládež opustila začiatkom marca 1844 bratislavské lýceum a prešla zväčša do Levoče.
V politických zápasoch sa postupne kryštalizovala aj otázka spisovného jazyka. Už v júli 1843 sa Štúr, Hurban a Hodža na schôdzke v Hlbokom rozhodli pre slovenčinu, ktorú vyhlásili za úradný jazyk spolku Tatrín, založeného v Liptovskom Mikuláši v auguste 1844 na vydávanie slovenských kníh a na podporovanie slovenskej študujúcej mládeže. Začiatkom roku 1845 dostal konečne povolenie vydávať Slovenskje národňje noviny s prílohou Orol tatranskí , ktoré začali vychádzať v slovenčine od 1. augusta 1845 v Bratislave za Štúrovej redakcie. Medzitým pripravoval aj spisy o novom spisovnom jazyku a jeho gramatike. Slovenčina narazila na tvrdý odpor najmä Jána Kollára, s ktorým Štúr musel zvádzať urputné boje. V októbri 1847 si ho mesto Zvolen vyvolilo za svojho snemového poslanca.