Narodil sa 1557 v Kľuži v sedmohradskej šľachtickej rodine. Vychovaný vo Viedni a neskôr v Prahe na cisárskom dvore. Žigmund Batori vymenoval Bočkaja za Varadínskeho hlavného kapitána. Stal sa jedným z najvýznamnejších Sedmohradských politikov. Sedmohradsko bojuje s Turkami. S cisárom Rudolfom II uzavrel dohodu o nezávislosti Sedmohradska a spoločnom boji proti Turkom. 1598 sa Žigmund Batori zriekol trónu a krajinu napriek protestu veľkej časti sedmohradskej šľachty prepustili Habsburgovcom. Betlen v liste vyzýval Bočkaja ,aby sa postavil na čelo postania proti Habsburgovcom. Bočkaj zorganizoval hajdukov, a tí sa stali hlavnou bojovou zložkou tohto povstania. Hajduci zvláštna vrstva ozbrojencov, vyznačovali sa neskrotnosťou, divokosťou , smelosťou a krutosťou. Pôvodne boli pastiermi a pohánačmi dobytka. Z vojenskeho hľadiska sa vyznačovali umením staviať pasce na nepriateľa a prepadávaním. Bočkaj to s hajdukmi nemal ľahké. Aby si nich udržal dal popraviť hajduckého kapitána Blažeja Lipaiho. Potom velenie nad vojakmi prevzali velitelia šlachtického pôvodu. Bočkaj po úspechu pri obrane hradu Kereti porazil Barbiana a to medzi Álmosdom a Diosigom (15.10.1604). Bočkaj sa zmocnil celej Zátiskej oblasti. Hajduci dobili Košice. Začiatkom novembra sa otvorili pred povstalcami bráni Kežmarku, Bardejova, k povstalcom sa pridali Užhorod a Mukačevo. Na cisarskom dvore povstanie nebrali vážne. Dôležitá bitka medzi cisárskymi vojskami a povstalcami sa odohrala pri Ožďanoch (14.11.1604). Cisárske vojská vyhrali. Začiatok roku 1605 Bočkaj začal z hajdukov formovať regulárnu armadu. Bolo ich 40-60 tisíc mužov. V 2/2 decembra 1604 z povstalskeho centra pohlo niekoľko prúdov, aby zničili cisárske vojenské sily. Cez Fiľakovo sa dostali až do Krupiny. Obsadili celú Honiansku stolicu. V máji Hlohovec aTrnavu, na severe získali Likavu, Bytču i Strečno. Hajducke vpády a drancovanie na Morave vyvolali odpor domáceho obyvateľstva. Bočkaj zanechal v Sedmohradsku svojho zástupcu Žigmunda Rákociho. Vplyv Bočkajovho povstania na vývoj Slovenska bol v mnohých smeroch protikladný, v konečnom dôsledku však negatívny. V konečnom dôsledku hnutie Štefana Bočkaja malo charakter stavovského povstania a jeho výsledky prinašali prospech opäť len šľachte. Bočkaj zomrel v Košiciach (1606 ).