„Hus se prý nezdráhal dostavit se ke kurii, ale usilovně se snažil prokázat nevinu tak, že poslal za velkých nákladů prokurátory, a nepřišel jen proto, že mu v tom bránilo nepřátelství.“ Hoci „...zprvu chtěl jít, ale byl varován, že by ztratil život. Ten, kdo by byl souzen od soudce, jehož zjevné hříchy káral, by se vydával na smrt.“ Husa teda pred súdom zastupovali prokurátori: majster Ján Jesenius, M. Marek z Hradce a M. Mikuláš zo Stojčína.
Hoci v Jánovi Jeseniovi mal Hus veľmi šikovného a obratného zástupcu v procese, nepodarilo sa mu dosiahnuť, aby bol Hus oslobodený od osobného dostavenia sa k súdu kúrie; kardinál Colonna ho v tejto procesnej záležitosti označil ako neposlušného a uvalil na neho kliatbu, čím sa zhoršilo jeho procesné postavenie. Keď v Prahe arcibiskup Zbynek dal túto kliatbu vyhlásiť, nestretol sa s odporom. Husova reakcia na túto kliatbu prezrádza jeho vôľu vzdorovať a v jednom svojom liste sa vyjadril, že „cítí radost, že je pokládán za heretika a stižen exkomunikací pro neposlušnost, protože sa podrobuje ve svém konání evangeliu. Nehodlá ustat od kázání, protože ti, kdo to zakazují, jsou falešní svědkové a proto vyobcování od Boha. Podle vůle Boží a Písma se smí poslouchat představených jen ve věcech dovolených; proto Hus raději ve věci kázání uposlechl Boha než papeže, arcibiskupa a ostatní protivníky Božího slova.“ Tu vidno Husovo presvedčenie o poslušnosti, ale súčasne tým priznáva neposlušnosť vyššej cirkevnej autorite.
V tom čase sa vyostrili aj spory medzi kráľom Václavom a arcibiskupom, pretože nebol splnený kráľov príkaz nahradiť univerzite škodu spôsobenú spálením kníh. Prudké spory skončili predčasnou smrťou arcibiskupa pri jeho úteku do Uhorska.
Zatiaľ proces v kúrii prechádzal mnohými ťažkosťami, nečakanými zvratmi a pre Husa nepriaznivými okolnosťami a odkladmi. V máji 1412 dal pápež Ján XXIII. vyhlásiť v Čechách predaj odpustkov, aby mohol financovať križiacku výpravu proti neapolskému kráľovi Ladislavovi. Hus toto dôsledne kritizoval, čím v Prahe vyvolal prudký odpor a to mu zhoršilo postavenie v jeho súdnom procese. Nový sudca kardinál Peter Stephaneschi v júli 1414 zostril proti nemu kliatbu, ktorá bola už predtým na neho uvalená. Hus sa z pocitu krivdy proti tejto kliatbe 18. októbra 1412 odvolal ku Kristovmu súdu, čím odmietol jurisdikciu Cirkvi.

3. Kostnický koncil – súd a odsúdenie
Kostnickému súdu predchádzali ešte vyhrotené spory v Čechách medzi Husom a jeho odporcami, pričom Hus kritizoval cirkevný súd, ktorý podľa jeho presvedčenia nerozhoduje v zhode s Božím zákonom. V tomto búrlivom období napísal Hus traktát De ecclesia, ktorý sa stal nakoniec jednou z hlavných príčin jeho konečného odsúdenia.