septembra 1703 vydal patent, podľa ktorého všetci poddaní, ktorí vstúpia do jeho vojska, budú počas služby oslobodení od všetkých povinností voči svojim pánom. Zakrátko pod Rákocziho zástavami stálo vyše stotisíc poddaných. Šľachta z mnohých stolíc si však i naďalej udržiavala rezervovaný, často odmietavý postoj proti novému povstaniu. 20. mája 1704 (bitka pri Smoleniciach) už mala Rákocziho armáda v rukách takmer celé Slovensko a stála pred Bratislavou a Viedňou; porazila cisársku armádu. Sila rákocziho armády v krátkom čase vzrástla aj preto, že na jeho stranu prestúpili mnohí cisárski velitelia spolu so svojimi oddielmi (generál Alexander Károli, Vavrinec Perki, Šimon Forgáč, Anton Esterházi a i.). Po neúspešných mierových rokovaniach sa boje rozhoreli s novou prudkosťou. Rákocziovským kurucom sa podarilo dobyť posledné dve veľké pevnosti na východe Slovenska – Prešov a Košice a zakrátko i veľkú pevnosť na západe – Nové Zámky. Na Slovensku ale postupne začal prepukať celý rad sociálnych nepokojov a vzbúr proti Rákocziho vláde. Rákocziho povstanie totiž nedbalo o záujmy ľudu, o jeho krivdy, biedu s trápenie. Ostré konflikty boli najmä medzi slovenskými baníkmi, ktorí začali početné štrajky. Vzburu nechal Rákoczi potlačiť vojskom, ktoré spustilo do baníkov streľbu. V roku 1707 vrcholia rozpory medzi stolicami a Rákoczim. Na sneme v Onóde (1.5.-14.6.) pod Rákocziho tlakom prijali niekoľko opatrení; odsúhlasili zdanenie uhorskej šľachty a vyhlásili Habsburgovcov za zosadených z uhorského trónu. Tento akt napokon donútil nového cisára Jozefa I. k ráznemu zásahu. Zorganizoval početnú armádu a 3. augusta 1708 v bitke pri Trenčíne Františka II. Rákocziho porazil. Potom cisárski vojaci dostali bez boja Nitru a hlavný veliteľ povstaleckých vojsk generál Očkai prešiel na stranu cisára. Vzápeti sa cisárske jednotky zmocnili slovenských banských miest. Aj Turci, ktorí chceli využiť povstanie a opäť sa usídliť v Uhorsku, boli definitívne porazení. 1. mája 1711 bol podpísaný mier medzi povstalcami a viedenským dvorom, keď už predtým A. Károli so svojou armádou zložil sľub vernosti cisárovi Jozefovi I. (14.3.). František II. Rákoczi odišiel do Poľska, aby sa tam stretol s ruským cárom Petrom I., od ktorého očakával novú pomoc. Mier uzavreli v rumunskom mestečku Satu Mare a povstanie sa tým skončilo. Mier zabezpečoval povstalcom beztrestnosť, zaručoval náboženské slobody v zmysle dovtedy prijatých zákonov a prisľúbil šľachte vyberanie daní len so súhlasom snemu. Naďalej zostalo zrušené stredoveké právo odporu uhorskej šľachty proti panovníkovi a Habsburgovcom zostal uhorský trón.