Habsburgovci sa snažili o absolutistickú vládu v celej svojej ríši, čo však narážalo na odpor najmä uhorskej šľachty. Skutočnosť, že absolutistické snahy sprevádzali zosilnená rekatolizačná činnosť a protireformačný tlak, rozširovala počet odporcov silnej centrálnej moci. Reformácia sa na našom území šírila už pred moháčskou bitkou. Ujímala sa najmä v oblasti banských miest na strednom Slovensku, a to najmä medzi nemeckým patriciátom. V mestách na západnom a severnom Slovensku sa reformácia šírila najmä z Moravy, Čiech a Sliezka. Meštianstvo videlo v reformácii vhodný prostriedok na zvýšenie svojho vplyvu predovšetkým v hospodárskej oblasti. Medzi uhorskou šľachtou sa reformačné myšlienky ujímali neskôr. Pravou príčinou záujmu šľachty o reformáciu opäť neboli duchovné pohnútky, ale veľmi svetské príčiny – zväčšovanie vlastných majetkov na úkor majetkov katolíckej cirkvi. Uhorská stavovská ústava dávala šľachte veľa právomocí a výsad. Umožňovala jej podieľať sa na vládnej moci a kontrolovať kráľa. Habsburgovci nerešpektovali tieto ustanovenia ústavy a svoju vôľu v Uhorsku presadzovali za pomoci žoldnierskych vojsk, ktoré boli cudzieho, prevažne nemeckého pôvodu. Stávalo sa, že žoldnieri odnímali šľachte aj jej majetky. Odpor sa pokúsili oslabovať inscenovaním „vlastizradných procesov“. Na základe falošných obvinení boli odsúdení k strate majetku i hlavy vplyvní a bohatí veľmoži ako Štefan Illésházy, ktorý vlastnil obrovské majetky na západnom Slovensku. Aby si zachránil život, ušiel za hranice, odkiaľ potom podporoval protihabsburské sily v Uhorsku. Šľachta sa však nechcela zmieriť s porušovaním svojich slobôd. Uhorská ústava šľachte povoľovala odpor kráľovi, ak nevládne v súlade s ústavou. Čaša trpezlivosti pretiekla, keď sa roku 1604 cisárske vojsko pokúsilo odňať majetky sedmohradskému kniežaťu Štefanovi Bocskajovi. Bocskaj pochádzal zo sedmohradskej šľachtickej rodiny. Bol vychovaný vo Viedni a v Prahe, kde sa neskôr stal členom telesnej stráže cisára Maximiliána. Ako devätnásťročný sa vrátil na svoje majetky do Sedmohradska, ktoré stálo v tom čase v opozícii proti habsburskej moci. Sedmohradsko bolo formálne samostatným kniežatstvom, ktoré tvorilo akúsi nárazníkovú bariéru medzi Turkami a Habsburgovcami. Bocskaj sa rozhodol brániť svoje majetky so zbraňou v ruke a začal otvorené povstanie proti cisárovi Rudolfovi II. Rozhodujúcou bojovou zložkou Bocskajovho vojska sa stali hajduci. Hajduci tvorili zvláštnu vrstvu ozbrojencov, charakterizujúcich tieto časy, ktorí žili na okraji spoločnosti a vyznačovali sa neskrotnosťou, divokosťou, smelosťou a krutosťou.