Pôvodne to boli pastieri, zaoberajúci sa najmä poháňaním dobytka na jarmoky, z čoho pochádza aj ich pomenovanie (maďarsky hajtó – poháňač). V tom čase prebiehala medzi cisárom a Turkami pätnásťročná vojna. Bocskaj neváhal a pribral Turkov ako spojencov. Zakrátko vytvoril Bocskaj vojensky zdatnú a početnú armádu a 12. novembra 1604 sa zmocnil Košíc, ktoré urobil strediskom svojej vlády. Čoskoro sa k nemu pridala východoslovenská šľachta na čele s V. Drugethom a s jej armádou ešte roku 1604 a na jar roku 1605 obsadili juhozápadné Slovensko. V priebehu roka dobyl Bocskaj stredoslovenské mestá, neskôr západné Slovensko a jeho hajduci plienili až na Morave. Program a ciele povstania boli úzko vymedzené: pre seba chcel Bocskaj titul sedmohradského kniežaťa, pre šľachtu v Uhorsku a Sedmohradsku zachovanie starých šľachtických slobôd. Aj v náboženskej otázke myslel iba na privilegované vrstvy. S hajdukmi, ktorí kládli aj radikálnejšie sociálne požiadavky, sa rozišiel a ich veliteľa Blažeja Lippaia dal dokonca popraviť. V júni 1606 došlo konečne k záverečným rokovaniam a podpísaniu mierových podmienok vo Viedni. Cisár zaručoval beztrestnosť účastníkom povstania a zaviazal sa rešpektovať uhorskú stavovskú ústavu. Po uzavretí viedenského mieru 11.11.1606 bol na poli neďaleko miesta kde sa Žitava vlieva do Dunaja podpísaný žitavský mier s Turkami. Tým sa skončila vyčerpávajúca pätnásťročná vojna. Mier s Turkami ale nezmenil nič na ich faktickom ovládnutí jadra Uhorska. Habsburgovci sa, navyše, zaviazali zaplatiť Turkom 200 tisíc zlatých. Bocskaj bol už koncom mierových rokovaní s Turkami ťažko chorý. Trpel nevyliečiteľnou chorobou a štyridsať dní po uzavretí žitavského mieru, v decembri 1606, zomrel. Rudolf II. nemal problémy len s Turkami, ale aj so svojím bratom arcikniežaťom Matejom, ktorý bol cisárovým zástupcom v Uhorsku. Po Bocskajovej smrti sa Matej spojil s uhorskými, moravskými a rakúskymi stavmi. Vznikla tak konfederácia, v ktorej sa načas ocitlo Slovensko spolu s Moravou. Matej stupňoval svoj odboj proti Rudolfovi II., až ho napokon roku 1608 v Libni donútil, aby mu odstúpil uhorskú korunu a dal mu do správy Moravu a rakúske krajiny. Matej II. tak nastúpil na uhorský trón. Jeho ambície sa tým ale neuspokojili. Využil duševnú chorobu brata Rudolfa II., ujal sa vlády i v Čechách a roku 1612 získal cisársku korunu. Svoje ambície, ktoré ho stály veľa síl, zaplatil aj tým, že v Uhorsku musel urobiť mnohé ústupky šľachte i protestantom. Zápas Mateja II. s Rudolfom II.