Z pôvodných veľkolepých spojeneckých predsavzatí sa však neuskutočnilo takmer nič. Prakticky jedinými spojencami, ktorí mohli zavážiť, zostali zase Turci. Začiatkom roku 1627 sa Betlen vrátil do Sedmohradska, ale protihabsburských plánov sa nevzdával. Stále viac ho ale oslabovala choroba, ktorá 15. novembra 1629 ukončila jeho život. Betlenovo protihabsburské povstanie, aj keď sa ho zúčastnili rozličné vrstvy spoločnosti, bolo povstaním stavovským. Uzavretými miermi boli opäť zabezpečené stavovské výsady uhorskej šľachty, uhorská stavovská ústava. Z Betlenovej politiky a jeho výprav teda najviac osohu, okrem samotného Betlena, mala sedmohradská a uhorská šľachta a zemianstvo. Betlen sa opieral najmä o protestantskú časť vládnucej feudálnej triedy, ktorú získaval aj sľubom náboženskej slobody. Protihabsburské stavovské povstanie Gabriela Betlena skončilo bratislavským mierom. Keď sa však vojnová karta čo i len trocha obrátila v prospech Habsburgovcov, okamžite sa to prejavilo na nerešpektovaní týchto sľubov. A to malo zasa za následok nový odboj šľachty. V roku 1643 vypukol stavovský odboj Juraja I. Rákocziho. Rákoczi bol skôr politikom a predovšetkým mužom so značnými osobnými a vladárskymi ambíciami. Tvrdý, často krutý a neváhal prenasledovať a obohacovať sa na úkor tých príslušníkov sedmohradskej šľachty, ktorí mu dopomohli na sedmohradský kniežací stolec. Rákoczi v polovici februára 1644 obsadil Košice a Prešov a sám sa vyhlásil za ochrancu nekatolíkov. V marci sa už zmocnil stredoslovenských banských miest a jeho vojská operovali až na západnom Slovensku. Všade mu pomáhali turecké oddiely. Celý rok 1644 i nasledujúci sú naplnené vzájomnými bojovými akciami povstaleckých a cisárskych vojsk, ktoré prebiehajú na území Slovenska. Obrat v prospech Juraja I. Rákocziho nastal, keď sa švédske vojská pod vedením generála Torstensona znovu dostali až na Moravu. V júni 1645 malo dôjsť k spojeniu oboch armád, k dobývaniu Brna a výprave na Viedeň. Cisárska strana sa však pokúsila o vyjednávanie a zasiahli aj Turci, ktorí si neželali silné Sedmohradsko a nariadili Rákoczimu zložiť zbrane. Mierové podmienky boli po dlhých rokovaniach prijaté a cisárom podpísané 24. augusta 1645 v Linci a ratifikované na sneme v roku 1647. Rákoczi týmto mierom dosiahol v podstate tie výdobytky, ktoré získal jeho predchodca Gabriel Betlen, ale za priaznivejších medzinárodných podmienok pre protihabsburský tábor.