Centralizačné úsilie dvora narazilo na odpor uhorských magnátov a šľachty, a to bez rozdielu náboženského vyznania. Odpor stavov voči Habsburgovcom mal už v tomto období značné odlišnosti od stavovského odboja v prvej polovici 17. storočia. Kým v prvých troch stavovských povstaniach boli skutočné ciele navonok zastierané náboženskými heslami, heslami odboja za náboženskú slobodu a náboženské otázky dávali navonok mocenskému konfliktu určitú ideologickú náplň, teraz sa už šľachta stále otvorenejšie domáhala svoji politických, stavovských a vojenských požiadaviek. Časť šľachty pod vedením Františka Wesselényiho začala pripravovať proti Habsburgovcom sprisahanie. Do sprisahania boli zapojení uhorský magnáti ale aj stredná šľachta a zemianstvo. Medzi sprisahancami boli mená najvýznamnejších uhorských vodcov, a to nielen protestantských. Palatín František Wesselényi, chorvátsky bán Peter Zrínsky, magnáti Štefan Thököli, František Rákoczi, František Frangepán, arcibiskup Juraj Lipaj a ďalší. Sprisahanie však bolo odhalené a hlavní predstavitelia v roku 1671 popravení. Odsúdených bolo taktiež vyše dvesto šľachticov na úplnú alebo čiastočnú stratu majetku. Do rúk habsburgovcom sa tým dostali obrovské majetky. Odhalenie sprisahania umožnilo Leopoldovi I. posilniť v Uhorsku absolutistické snahy a prehĺbiť protireformáciu. Vedúcimi osobnosťami, ktoré mu k tomu slúžili bol arcibiskup J. Selepčéni a nitriansky biskup Leopold Kolonič. Krajinu začali ovládať žoldnierske vojská vedené generálom Sporockom. Nastalo obdobie teroru. Uhorská ústava bola zrušená, začala ďalšia vlna rekatolizácie. Vládny teror však vyvolával nový odpor. Vo výchdoslovenských stoliciach sa začali organizovať vojenské skupiny, ktoré sa sami nazývali križiakmi – kurucmi. Jedna taká skupina, vedená Gašparom Pikom, dobila roku 1672 Oravský hrad. Keď sa generálovi Sporckovi podarilo dobiť hrad späť, krvavo sa vysporiadal s povstalcami. Gašpara Piku a 254 richtárov, ktorí sa vzbúrili, napichli za živa na koly a nechali ich pomaly umierať. Krutosť cisárskych vojsk však nemala očakávaný odstrašujúci účinok. Naopak, vyvolávala v krajine novú nespokojnosť. Roku 1678 zorganizoval nespokojencov mladý šľachtic Imrich Thököli. Pochádzal z Kežmarku a ako trinásťročnému sa mu podarilo po odhalení Wesselényiho sprisahania, do ktorého bol zapojený jeho otec, uniknúť z Likavského hradu. Bol nadaný, ambiciózny, dokázal si vynútiť rešpekt a vyznal sa vo vojenskom remesle. Bol vášnivým pisateľom listov. V rôznych zbierkach a archívoch sa zachovalo niekoľko tisíc jeho listov. Roku 1678 bol už jedným z hlavných kuruckých veliteľov.