Za krátky čas sa mu podarilo obsadiť celé východné a stredné Slovensko. Postupne sa k nim pripájali ďalšie oddiely a pod velením francúzskych dôstojníkov postupne obsadzovali Slovensko. 8. januára 1680 kuruci na svojom zhromaždení zvolili Thököliho za svojho jediného hlavného veliteľa. Podarilo sa im obsadiť celé Slovensko a postúpili až na Moravu. Donútil tak cisára Leopolda I. k rokovaniu. Cisár prisľúbil obnoviť uhorskú ústavu, opäť obnoviť funkciu uhorského palatína a dal protestantom právo udržiavať v každej stolici dva kostoly. Thököli však tieto prísľuby nepokladal za dostatočné, postavil sa na odpor a opäť vojensky opanoval východné a stredné Slovensko. Cisár bol ochotný pristúpiť, ale do sporu sa zamiešal turecký sultán. Ten prisľúbil Thökölimu uhorskú korunu, ak sa mu podrobí. Súčasne sultán Kara Mustafa vypovedal cisárovi Leopoldovi vojnu. Thököli sa pridal k sultánovi. Vo vojne roku 1683 utrpeli Turci porážku, najprv pri Viedni, potom aj v Uhorsku. V auguste 1385 bola oslobodená pevnosť Nové Zámky, v ďalších mesiacoch aj Budín. To znamenalo koniec tureckého panstva v Uhorsku. Súčasne to bol aj koniec Thököliho povstania, ktorý musel s Turkami z krajiny utiecť. Do cisárskych rúk sa dostávalo mesto za mestom. Najdlhšie držali protestantskí povstalci mesto Prešov. Tu došlo k najkrvavejšiemu zúčtovaniu s povstalcami, ktorého hlavným aktérom bol generál Antonio Caraffa. Dvadsaťštyri povstalcov popravili tak, že im uťali ruky, potom hlavu a rozštvrtených ich na hákoch na výstrahu povešali na hradské cesty. Thököliho povstanie bolo stavovským povstaním. Okrem požiadavky obnovenia uhorskej stavovskej slobody a náboženskej slobody neobsahovalo žiadne iné požiadavky. Aj v Thököliho protihabsburskom odboji zohrali svoju úlohu ambície a záujmy samotného vodcu povstania. Hlavnú úlohu v odboji mali šľachta a kuruckí vojaci. Hlavným dôvodom vstupu poddaných do Thököliho vojska, pokiaľ tam neboli nútený násilím, boli bieda a nádej za zlepšenie svojho žalostného životnéhom údelu. Náslie, ktoré kuruci na Slovensku páchali, a ich spojenectvo s Turkami však zákonite museli odrádzať obyvateľstvo od ich podpory. Vlna teroru a ťaženia proti protestantom, spojená s pokusom o nastolenie absolutizmu, však ani tentoraz nemala za následok úplné podriadenie sa krajiny cisárovi. V roku 1687 zasadal v Bratislave snem. Napriek rozsiahlym amnestiám pre povstalcov, prijal dva veľmi významné články; Habsburgovci (nevynímajúc Španielsku vetvu) sa stali po meči dedičnou dynastiou v Uhorsku. Snem ďalej zrušil povestný 31.