Keď sa sedmohradské knieža Žigmund Bátori vzdal hodnosti a krajinu prenechal cisárovi Rudolfovi II., Habsburgovci sa stali zodpovednými za obranu Sedmohradska pred Osmanmi. Sedmohradská šľachta však tajne uzavrela s Osmanmi spojenectvo a uznala svoje vazalstvo. Zápas o ovládnutie Sedmohradska ovplyvňovala vojna Habsburgovcov s Osmanmi a súperenie medzi katolíckou a protestantskou šľachtou o hospodárske a politické pozície v Uhorsku. V roku 1604 sa odporcom Habsburgovcov podarilo získať pre myšlienku povstania knieža Štefana Bočkaja. Keď panovnícky dvor odhalil pripravovanú ozbrojenú vzburu, poveril cisárskeho generála Belgiojosa, aby zhabal Bočkajove majetky v Biharskej stolici (1604). Bočkaj začal otvorený boj proti viedenskému dvoru. Východoslovenská šľachta a mestá sa k nemu pôvodne pridávali zo strachu z konfiškácií a plienenia majetkov.
Október 1604 - útok cisárskeho vojska na hrady a majetky sedmohradského veľmoža Bočkaja v Biharskej stolici sa stal podnetom na vypuknutie prvého protihabsburského povstania. 16.okt. 1604 – sa predstavitelia Pentapolitany (zväz 5 východoslovenských miest) rozhodli podporiť povstalcov. Ich príklad nasledovali viaceré slovenské banské mestá
jar 1605 – cisárske vojská ustúpili z vých. Slovenska pred povstalcami, kt. postupovali cez stredné a západné Slovensko, zmocnili sa Trnavy (5.mája) a prenikli až do Zadunajska, Dolného Rakúska i na Moravu a do Sliezska. Pustošiace povstalecké vojsko, kt. tvorili najmä hajdúsi, zastavila a na ústup prinútila ofenzíva cisárskych vojsk začiatkom leta. Hajdúsi: pôvodne bezprístrešné skupiny roľníkov, kt. ušli pred Turkami, alebo stratili domov vo vojnách. Časť z nich sa živila ako pohoniči dobytka ( lat. haidones, maď. hajtu = názov hajdúsi), neskôr sa dali najímať ako do služieb v pohraničných hradoch a do vojska sedmohradských kniežat. 11. novembra 1605 – veľkovezír Lalla Mehmed odovzdal v Pešti Štefanovi Bočkajovi kráľovskú korunu, sultán vyjadril, že ho uznáva za uhorského kráľa. Bočkaj korunu prijal len ako dar, ale korunovať sa nedal. Bojujúce strany dosahovali na bojiskách striedavé víťazstvá a porážky, a preto sa v roku 1605 začali pokusy o rokovanie. Po vymenovaní nových šľachtických veliteľov povstalci v priebehu v roku 1605 obsadili aj stredoslovenské banské mestá a západné Slovensko okrem Bratislavy. Podnikali lúpežné výpravy na Moravu a do Rakúska. Významné osobnosti povstania - Š. Ilešházi a V. Druget - sa zaslúžili o nové rokovania, ktoré sa skončili podpísaním mieru vo Viedni 23. 6. 1606. Bočkaj získal vládu nad Sedmohradskom a do doživotného užívania aj Biharskú, Berežskú a Ugočskú stolicu.