Privilegované obyvateľstvo si udržalo všetky výsady aj náboženskú slobodu, nie však na úkor katolíckeho náboženstva. Všetci povstalci boli amnestovaní. 9.februára 1606 – vo Viedni panovnícky dvor uzavrel prímerie s prívržencami Bočkajovho povstania. Prímerie potvrdila viedenská mierová zmluva podpísaná 23. júna. Betlenove povstanie (1619 – 1622) – šľachtický odboj, ktorý sa začal vpádom vojsk sedmohradského kniežaťa Gabriela Betlena do Uhorska v novembri 1616. Pripojili sa k nemu uhorskí protestantskí magnáti (J. Rákoci, I. Turzo, J. Séči), aby zvrhli Habsburgovcov z uhorského trónu. V lete 1619 Betlen využil zlé postavenie Ferdinanda II. súvisiace s povstaním českých stavov. Jeho prívrženci ho po obsadení Košíc vyhlásili za hlavu Uhorska a ochrancu nekatolíckeho obyvateľstva. Keďže Betlenovi povstalci narážali iba na slabý odpor, prešli celým Slovenskom a v októbri získali aj Bratislavu. Na hrade palatín Betlenovi odovzdal uhorskú kráľovskú korunu. Po spojení s vojskom českých a moravských stavov sa v novembri 1619 vydal proti Viedni. Útok cisárovho spojenca J. Drugeta na východné Slovensko prinútil Betlena opustiť spojencov. Na sneme v Bratislave v januári 1620 šľachta už chcela len potvrdiť stavovské výsady a rozdeliť majetky, o ktoré pripravila katolícku cirkev, a nie pokračovať v boji proti cisárovi. Preto Betlen uzavrel s cisárom prímerie. Boje medzi povstalcami a cisárskou armádou sa obnovili potom, čo sa Betlen so súhlasom sultána dal na sneme v Banskej Bystrici v auguste 1620 zvolil za uhorského kráľa. Vzhľadom na slabú pomoc Osmanov a stratu šľachtických prívržencov bol Betlen nútený podpísať s cisárskou stranou mier. 20. marca 1622 jej vrátil kráľovskú korunu. S podmienkami mieru však Betlen nebol spokojný. V roku 1623 a 1626 podnikol ďalšie vpády na Slovensko spolu s protestantskými účastníkmi tridsaťročnej vojny a za priamej pomoci Osmanov. V roku 1624 podpísal s kráľom Ferdinandom II. mier vo Viedni, v roku 1626 v Bratislave. Betlen sa vzdal okupovaného územia a kráľovského titulu. Stal sa ríšskym kniežaťom a do doživotného užívania dostal sedem východouhorských stolíc. Postupne však prišiel o kniežatstvá Opolie a Ratibor a o príspevok na udržiavanie pohraničných pevností.
Povstanie Juraja I. Rákociho (1644 – 1645) – malo vypuknúť v koordinácii s postupom švédskej armády na Moravu (v roku 1643). Sedmohradský knieža Juraj I. Rákoci sa vyhlásil za ochrancu nekatolíkov. 2. februára 1644 vtrhol so svojimi oddielmi na východné Slovensko a s tureckou pomocou obsadil aj stredoslovenské banské mestá a prenikol na západné Slovensko. 18.