júla 1645 sa pri Brne spojili oddieli Juraja I. Rákociho a švédskeho generála Torstenssona. Povstanie ukončil mier podpísaný v Linci 16. decembra 1645 medzi Ferdinandom III. a Jurajom I. Rákocim. Mocenské a hospodárske spory medzi uhorskou šľachtou a Habsburgovcami však pokračovali.
Uhorská šľachta vďaka protihabsburským povstaniam v prvej polovici 17. st. dosiahla značné úspechy. Základným článkom štátnej moci v jednotlivých župách zostali krajinské stolice. Šľachta ubránila feudálnu stavovskú ústavu, svoje výsady a výsady miest, zabezpečila istú mieru náboženskej slobody. Tienistou stránkou týchto úspechov bolo, že spojencami uhorskej šľachty v bojoch proti Habsburgovcom boli Turci.
Vešeléniho sprisahanie (za vlády Leopolda I.) bolo pokusom uhorskej šľachty o zvrhnutie Habsburgovcov. 5. apríla 1666 začal palatín František Vešeléni formovať opozíciu proti cisárovi. Sprisahanci hľadali oporu u francúzskeho kráľa Ľudovíta XIV. a u tureckého sultána. Viedenský dvor sa však o prípravách dozvedel a ostro zasiahol (mnohých šľachticov zatkli, súdili, hlavných vodcov sprisahania popravili – 30. apríla 1671).
Nastala násilná protireformácia, bola zrušená uhorská ústava a v Uhorsku bola zavedená vojenská diktatúra.
Teror labancov (žoldnierski cisárski vojaci) bol namierený najmä proti protestantskej inteligencii. V krajine sa rozpútala drobná vojna medzi labancami a nespokojnými živlami, ktoré sa nazývali kurucami. Tőkőliho povstanie (1678 – 1686) – iniciovali ho sedmohradskí magnáti, vytvorili veľké vojsko, na čelo ktorého sa postavil kežmarský magnát Imrich Tőkőli. 5. februára 1679 kráľ Leopold I. uzavrel mier s francúzskym kráľom Ľudovítom XIV. a Imrich Tőkőli ostal bez podpory. V lete 1680 Tőkőliho kurucké oddiely podnikli výpravu na Moravu. 28. apríla 1681 kráľ Leopold I. zvolal snem do Šopronu, ktorý udelil amnestiu účastníkom Tőkőliho povstania. Potvrdil staré výsady a deklaroval náboženskú slobodu. 16. septembra 1682 bol Imrich Tőkőli korunovaný za „kráľa stredného Uhorska“ a boli mu odovzdané vladárske insígnie. Za ročný tribút 40 tis. toliarov mu sultán Mehmed IV. zabezpečil ochranu kráľovstva. 18. marca 1683 podnikol sultán Mehmed IV. veľkú výpravu proti Viedni. 25. júla 1683 sa Bratislava bez boja vzdala oddielom Imricha Tőkőliho. Z hradu ešte predtým odniesli korunu a kráľovské insígnie do Rakúska. 12. septembra 1683 však Turci pri Viedni utrpeli od cisárskych a spojeneckých poľských (Ján Sobieski) vojsk rozhodujúcu porážku, ktorá znamenala koniec ich panstva v Uhorsku.