Bol to aj koniec Tőkőliho povstania. Jeho dozvukom boli prešovské jatky – 5. marca 1687 generál Caraffa s povolením kráľa Leopolda I. vytvoril v Prešove 12-členný tribunál, ktorý od marca do septembra 1687 dal popraviť 24 mešťanov pre podozrenie z prípravy nového povstania. 18. apríla 1687 zvolal kráľ Leopold I. do Bratislavy snem, ktorý uzákonil amnestiu pre účastníkov Tőkőliho povstania a zrušil prešovský súd. Prijal Habsburgovcov po mužskej línii za dedičných vládcov Uhorska a zrušil 31. článok Zlatej buly Ondreja II. z roku 1222, ktorý zakotvoval právo stavov na odpor voči panovníkovi.
Cisárske vojská začali veľkú protitureckú ofenzívu. Panstvo Turkov na strednom Dunaji ukončil mier uzavretý v Sriemskom Karlovaci 29. januára 1699.
Povstanie Františka II. Rákociho (1703 – 1711) – bolo posledným a najväčším povstaním. Iniciátormi boli kalvínski obyvatelia Zátisia, ktorí chceli poraziť Habsburgovcov ako baštu európskeho katolicizmu. Na čele povstania bol sedmohradský magnát František II. Rákoci. Zmocnil sa takmer celého Slovenska. Podporovali ho Francúzi. V septembri 1703 kurucké vojská pod vedením L. Očkaja obsadili južné a stredné Slovensko. 15. novembra 1703 v bitke pri Zvolene kuruci vedení Mikulášom Berčénim porazili cisárske vojská a zmocnili sa banských miest. 27. – 28. mája 1704 pri Smoleniciach kurucké vojská porazili početné cisárske vojsko. Kuruckým povstalcov sa 31. októbra 1704 vzdali aj Košice. 3. januára 1705 vošli do obehu nové, menej hodnotné medené mince – libertáše. Malo to katastrofálne následky pre ekonomiku krajiny.30. mája 1707 začal snem v Onóde a 16. júna 1707 boli Habsburgovci detronizovaní. To donútilo nového cisára Jozefa I. k ráznemu zásahu. 3.augusta 1708 utrpel Rákoci ťažkú porážku v bitke pri Trenčíne a po nej nasledovala séria neúspechov. 28. augusta 1708 kurucký brigadír L. Očkaj po prehratej bitke prešiel s celým plukom na stranu cisára. Nakoniec sa uhorskí magnáti v rumunskom mestečku Satu Mare dohodli s Habsburgovcami na mierových podmienkach – satmársky mier 30. apríla 1711. Uzatvára etapu protihabsburských povstaní. Habsburgovci si obhájili habsburskú korunu, uhorská šľachta si ubránila stavovské výsady a uhorskú feudálnu ústavu.

Tridsaťročná vojna (1618 – 1648)
Tridsaťročná vojna sa začala ako expanzia španielskych a francúzskych Habsburgovcov za dosiahnutie ich európskej politickej hegemónie, za víťazstvo protireformácie a za likvidáciu ústupkov, ktoré si dovtedy reformácia vybojovala.