Dohodlo sa, že pri ceremónii Napoleon nepobozká ruku konsekrujúcemu kňazovi, olejom pomažú len čelo, dá sa vyhotoviť atrapa meča Karola Veľkého, ktorý sa stratil počas revolúcie. Pápež súhlasil. Nastal deň korunovácie 2. December 1804. O 9:00 prišiel koč s pápežom Piom Vll. ku katedrále Notre Dame. V katedrále už čakali generáli Murat, Latour d´Auvergne, Soult, Ney, Desaix, ale i minister Talleyrand a ďalší vysoký hodnostári. Budúci cisár potreboval pápeža ponížiť tak nechal na seba dlho čakať (vyše hodiny). Pápež to však trpezlivo zniesol a venoval sa modlitbám. O 10:30 vstúpil Napoleon s manželkou Jozefínou do kadedrály. Keď nadišla rozhodujúca chvíľa a pápež Pius Vll.siahol po korune, ktorú mal položiť na Napoleonovu hlavu, ten ho predišiel, zložil si z hlavy zlatý vavrínový veniec, uchopil korunu a otočený chrbtom k pápežovi sám si ju položil na hlavu. Pius Vll.nereagoval. Potom "sebakorunovaný" cisár položil korunu na hlavu svojej manželke Jozefíne. Proti cisárovi stál zrazu iba pápežský štát a tohto sa Napoleon snažil zbaviť. Zásadné rozhodnutie Napoleona, ktoré malo zlomiť protivníka, sa prejavilo tým, že vojská generála Miollisa obsadili Rím. Nad Anjelským hradom zaviala zástava francúzskeho cisára. Rím vrel pobúrením. Pápež však tiež rozhodol Bulou, ktorá začínala slovami: "Perpetuam memoriam" vyslovil, že kto sa zúčastní na rabovaní cirkvi, bude z kresťanskej pospolitosti vyhostený! Aj keď v Bule nebolo uvedené konkrétne meno, z obsahu vyplynulo, že exkomunikoval Napoleona. V noci zo 6.na7.júla 1809 francúzsky vojaci stáli v spálni pápeža a mierili naňho bodákmi. Na dvore čakal pripravený koč. Koč s väzňom sa dal na cestu, už po niekoľkých dňoch bol pápež veľmi vyčerpaný. Čím ďalej cesta pokračovala Pius trpel. Duševné otrasy mu zoslabili aj telo. Zvesť o jeho uväznení sa šírila ako lavína. 29.augusta 1809 pápež došiel do Savony. Pápeža deportovali a pápežský štát prestal existovať. Napoleon mal v pláne vybudovať "nový Vatikán", a tým dostať cirkev pod svoju kontrolu. Napoleon povolal do Paríža kardinálov, predstavených reholí, pápežské ministerstvo aj s archívom. Keď sa väčšina kardinálov vyjadrila, že bez pápežského súhlasu nemôže opustiť Sväté mesto, nechal ich do Paríža deportovať. Pápež zostal v savonskom väzení úplne sám a Napoleon sa ho pokúšal zlomiť, najprv mu ponúkal 3 mil. Frankov, keď pápež odmietol začal mu cenzurovať poštu a biskupi mohli prísť len formálne. Chorý pápež strácal posledné zvyšky síl. 16.mája 1811 zvolal Napoleon do katedrály Notre Dame synodu. Pri prejave zaútočil na autoritu pápeža, napriek tomu autorita pápeža neutrpela. V júni 1812 tajne previezli pápeža do Fontainebleau.