cítil byť mocným panovníkom svedčí aj synoda vo Frankfurte ešte v roku 794, ktorá mala prerokovať teologický spor o novú formuláciu Vyznania (filioque) a spor o obrazy. Karol synode predsedal, vysvetľoval, rozhodoval sporné otázky a vyhlásil záverečné uznesenie. Pápež sa podrobil, aj keď mal iný názor.
Karol sa ďalej pokladal za najvyššieho pána nad všetkými kresťanskými národmi a kniežatami na západe. Jeho povinnosťou bolo chrániť cirkev a starať sa o šírenie viery medzi pohanmi. Svoju moc odvodzoval z Božej milosti a zaviedol titul (vo Franskej ríši) Rex dei Gratia).

Snažil sa o vzájomné prenikanie štátnej a cirkevno-náboženskej oblasti ako istého druhu Božieho štátu. V duchu tejto myšlienky vnucoval obyvateľstvu dobytých území kresťanstvo násilím. Poznáme dve teórie alebo tvrdenia: 1. pod trestom smrti, pretože dal popraviť 4,5 tis. Sasov – tí sa mali protiviť krstu. Druhé tvrdenie hovorí (a dnes sa viac berie do úvahy), že to boli rukojemníci (Sasi), ktorí boli popravení po vzniku nových nepokojov. Vodcovia povstania sa nechali pokrstiť. Po ďalšom obnovení nepokojov nechal Karol deportovať tisíce Sasov na franské územie a Frankov presídlil do Saska, ktorí tam zakladali biskupstvá a dochádzalo k prepojeniu štátnej a cirkevnej správy. Cirkev bola tak ako štátna správa riadená kráľovskými zákonmi. Ríšske synody boli v cirkevných otázkach veľmi úzko späté s ríšskymi snemami. Keď však boli uznesenia snemov v rozpore s rímskym cirkevným právom, nebral sa na to ohľad. Karolove postoje týkajúce sa cirkvi: uznal cirkvou požadované desiatky a zasadzoval sa o ich vyberanie. Cirkevný majetok sa však nepokladal za nedotknuteľný a požičiaval ho ako léno. Posilnil vplyv biskupov a sám ich menoval. Podriadil im kláštory a dal im právo vykonávať dozor nad farnosťami, chcel, aby sa horlivo venovali duchovnému životu. Nechal vo všetkých väčších mestách zriadiť kostoly s právom krstu a zaistil im vyberanie desiatkov.