Celý vývoj pritom prebieha v súhre protikladov: „Boh je
deň i noc, zima i leto, boj i mier, nasýtenie i hlad.“ Učenie o harmónii
protikladov je vôbec ústredným bodom Herakleitovej filozofie. (S koincidenciou opozít sa neskôr stretávame napr. aj u Mikuláša Kuzánskeho v renesančnej filozofii, ale aj v oveľa krajších odvetviach ľudskej činnosti, akým je napríklad umenie a Shakespearov Romeo a Júlia: „Ty bitkárska láska! Zášť milostná! Ty čokoľvek, čo z ničoho sa rodíš! Tragická hračka! Ťažkopádny vánok! Obludná zmes krásnych preludov! Ľadový oheň! Olovené pierko! Chorľavé zdravie! Bdiaci spánok! Všetko a predsa nič…“.) Harmóniu chápe ako vnútornú jednotu a rovnováhu protikladov, ktoré tvoria celok, kozmos. Herakleitos je prvým filozofom v dejinách, ktorý je neochvejne presvedčený o tom, že protiklady, protirečenia a ich vzájomný boj a jednota predstavujú bytostný základ vesmírneho života a v jeho rámci aj života človeka a spoločnosti, že protirečenia (ako to neskôr klasicky vyjadril G.W.F.Hegel) hýbu svetom. Harmónia je však relatívna, lebo je stále narušovaná bojom protikladov, ktoré sú vo veciach obsiahnuté: „More, voda najčistejšia a najšpinavšia: pre ryby pitná a užitočná, pre ľudí však nepožívateľná a škodlivá“. Vďaka tomuto boju prechádzajú veci z jedného stavu do druhého, pohybujú sa a menia sa, boj je zdrojom toho, že všetko plynie - PANTA REI.
Idea o jednote protikladov, ich totžnosti a vzájomnej podmienenosti, preniká celým Herakleitovýn učením, a peto je Herakleitos veľkým iniciátorom DIALEKTIKY, ktorá sa chápe ani nie tak v zmysle metódy, ale predovšetkým v dialektichej ontológii - teórii bytia. (Termín dialektika pochádza z gréčtiny a znamená „vyhovoriť“, „rozhovoriť“, teda v takom chápaní ako umenie dokazovať pomocou argumentu a protiargumentu.) Azda najzreteľnejšie vyjadril Herakleitos jednotu a boj protikladov, neustálu zmenu a pohyb v zmyslovom obraze rieky. Herakleitos na ktoromsi mieste hovorí: „Všetko plynie a nič netrvá“, a prirovnávajúc veci k prúdu rieky, hovorí: „Nevstúpil by si dvakrát do tej istej rieky.“ (Toto známe prirovnanie našlo ohlas aj v slovenskej poézii, napr. aj v zbierke Appassionata od V. Mihálika: „Nevkročíš dvakrát do tej istej rieky.

Iná je v nej voda a iné kamenie.
A nielen naše žitie - celé veky
Herakleitova hrozba preklenie…“)
„Na tých, čo vstupujú do tej istej rieky, valí sa stále iná voda.“ Všeobecný tok rieky predstavuje proces vzniku a zániku, ktorý je priamo spätý s časom, a preto od neho za žiadnych okolností neoddeliteľný.