Herakleitova prírodná filozofia je tak v podstate prvým výrazom panteizmu v dejinách filozofického myslenia, učenia, ktoré nepozná rozdiel medzi prírodou a bohom, a ktoré skúma a pochopí boha len ako prírodu.
Predstava o vesmíre sa u Herakleita blíži predstave špecifického živého organizmu, ktorého symbolom je večne živý oheň, ktorý sa podľa miery zapaľuje a podľa miery zhasína („…v znamení pohybu ako vodopád, čo duniac strháva skaly okolo seba. Odvážnych nesie, váhavcom plní ústa kamením. Pusť sa brehu a chyť sa vĺn! Staň sa živlom. Vody ani ohňa sa nedotkneš bez toho, aby si nepocítil spaľujúcu túžbu s nimi splynúť. Vždy sú iné. A tá inosť magnetizuje.
Herakleitos mal pravdu. Človek je živel. Tvaruje sa podľa vlastných predstáv. Až keď nemá silu, menia ho druhí.“ - ukážka z časopisu študentov FPVaMV UMB, ktorý nesie názov Panta rei). Táto analógia platí aj na ľudský život. Vystupuje tu prvok vznikania a zanikania, a preto je Herakleitos, podobne ako milétski prírodní filozofi, hylozoistom, teda považuje pralátku sveta i svet samotný za oduševnený, a teda oheň nie je len látkovým substrátom sveta, ale zároveň aj jeho dušou, ktorá všetko oživuje. Základom poznania sú podľa Herakleita pocity. Ak by niečo zostalo skryté pred svetlom, vnímaným zmyslami, nemôže sa skryť pred svetlom rozumu.

Hlavnú zásluhu Herakleita v dejinách filozofie možno vidieť v prvej formulácii dialektického zákona jednoty a boja protikladov v zmysle všeobecného plynutia bytia (Panta rei - všetko plynie). Herakleitos odkryl aj protirečivú povahu ľudského poznania, ktorú vyjadril v mnohých dialekticko - umeleckých obrazoch. Zdôraznil rozdiel medzi všeobecným a konkrétnym, čím sa prvýkrát priblížil k formulovaniu základných filozofických kategórií. V poňatí subjektívneho logu (dialektika procesu ľudského myslenia) a logu objektívneho (boj protikladov v prírodnom bytí) poprvýkrát v dejinách filozofie odhalil protirečivú povahu vecí a poznania, a tým zároveň demonštroval jednotu dialektiky sveta a dialektiky poznania.