Postupne pozatýkali vedúcich funkcionárov ilegálnej Komunistickej strany a pod neustálym policajným dozorom boli všetci bývalí politici - odporcovia HSĽS.
V prvých rokoch neboli v slovenskej spoločnosti priaznivejšie podmienky na rozvinutie širšieho odboja. V tom čase sa odbojová činnosť prejavovala najmä v zahraničí. Mnoho Slovákov vstúpilo do aktívneho boja
na strane protihitlerovskej koalície. V Poľsku Slováci vytvorili slovenskú jednotku, ktorá tvorila značnú časť 1. česko-slovenského armádneho zboru, ktorý pod vedením Ľudovíta Slobodu bojoval po boku Červenej armády. Generál Rudolf Viest velil Prvej česko-slovenskej divízii vo Francúzsku. Slováci bojovali aj v partizánskych jednotkách na Ukrajine, Bielorusku a v Taliansku. Celkovo ich počet bol vyšší ako počet slovenských vojakov, ktorí bojovali na strane Nemecka.
Aktívny slovenský odboj mal aj svoju politickú organizáciu. Prezident Eduard Beneš po Mníchove emigroval do Londýna a usiloval sa, aby túto vládu uznali štáty protihitlerovskej koalície. Najvýznamnejší slovenskí politici v zahraničnom odboji boli Milan Hodža a Štefan Osuský. Oni sa hlásili k obnove Československej republiky, ale na rozdiel od Beneša presadzovali väčšiu samosprávu Slovenska, kvôli čomu došlo k vážnym nezhodám s Benešom a nakoniec k úplnému rozchodu.
K aktivizácii domáceho odboja prispeli najmä tri skutočnosti : vstup Slovenska do vojny proti ZSSR, ktorý medzi Slovákmi narazil na odpor, brutálne protižidovské opatrenia vlády a napokon obrat vo vývoji vojny, ktorý nastal po bitke pri Stalingrade.
Utvorenie protihitlerovskej koalície roku 1941 umožnili zblíženie dvoch odborových táborov na Slovensku. Komunisti opustili aspoň formálne heslo
„ Sovietske Slovensko”, okrem iného na pokyn z Moskvy. Zblíženie komunistov a občianskeho odboja uľahčila skutočnosť, že na rozdiel od Poľska alebo Juhoslávie nikdy nedošlo medzi nimi ku krvavým zrážkam. Pozície Beneša i celého Česko-slovenského odboja posilnilo podpísanie Česko – slovensko – sovietskej spojeneckej zmluvy 13. decembra 1943. Koncom roka 1943 predstavitelia občianskeho bloku a komunisti uzavreli tzv. Vianočnú dohodu a vytvorili ústredný odbojový orgán – Slovenskú národnú radu ( SNR ). Občiansky blok v SNR zastupovali Jozef Lettrich, Ján Ursíny a Matej Josko, komunistov Karol Šmidke, Gustáv Husák a Ladislav Novomeský. SNR sa neskôr ešte menila a dopĺňala o nových členov.
Najdôležitejším bodom Vianočnej dohody bola príprava ozbrojeného povstania a zvrhnutie diktatúry HSĽS.